Den 29 januari 1861 upptogs Kansas i unionen som en fri stat, vilket var ett nederlag för sydstaterna. Även då förblev det sydliga elementet fast förankrat i många samhällen i östra Kansas. När inbördeskriget väl bröt ut anslöt sig cirka 20 000 män från Missouri till unionsarmén, medan cirka 1 000 anslöt sig till de konfedererade styrkorna. Många sydstatare kastade dock sitt helhjärtade stöd till unionen, eftersom de ville att Kansas skulle förbli deras hem.
Övergången från territoriell status till delstatlighet köpte en del förändringar i de typer av fort som fanns i Kansas. Borta var den partipolitiska rivaliteten. Fortfarande fanns många bosättarfästen som skyddade mot indianangrepp. Möjligen existerade endast ett läger, Livingston’s Hideout, som en konfedererad post i Kansas under inbördeskriget. Det kan dock ha funnits andra permanenta gömställen på Kansas sida av gränsen i områdena Wyandotte (Kansas City) och Olathe. Alla övriga fanns på unionssidan. Dessutom ökade antalet fästningar. Delstaten hade 26 år 1861 och antalet ökade till 43 år 1864. Vid krigets slut 1865 hade delstaten fortfarande 36 fort och posteringar.
Forstarna hade fortfarande liknande syften som under territorialtiden. Armén upprätthöll några för att skydda resenärer och nybyggare mot indianer. Några av de nya arméposterna upprättades dock för att skydda samhällen längs gränsen mellan Kansas och Missouri från konfedererade reguljära styrkor och gerillatrupper.
Andra arméposter, som Fort Scott, Fort Leavenworth och Fort Riley, fungerade som administrativa högkvarter i den kedja av fort som sträckte sig över väst. Fort Leavenworth och Scott blev också viktiga operationsbaser för att återta delar av Indian Territory, Missouri och Arkansas från konfederationen. Riley, Leavenworth och Scott användes för andra olika ändamål. Vid vissa tillfällen höll alla tre ett antal konfedererade fångar. Leavenworth användes för att omvandla tillfångatagna konfedererade till ”Galvanized Yankees”
Dessa Galvanized Yankees var konfedererade fångar som organiserades i nya unionskompanier som användes för att bemanna gränsfästen djupt inne i territorier som genomkorsats av indianer. De användes aldrig för att slåss mot andra konfedererade, eftersom de kanske vägrade att slåss mot sina tidigare allierade. De flesta Galvanized Yankees tog förmodligen värvning i sådana förband för att undkomma de dystra förhållandena i fånglägren.
Dessa ”reformerade” konfederater föraktades av andra unionssoldater, eftersom de senare ansåg att dessa män först hade visat sig vara förrädare mot unionen och sedan hade de blivit förrädare mot konfederationen. Därmed sågs de som dubbla förrädare utan några förlösande egenskaper. Dessutom kunde de galvaniserade jänkarna inte förvänta sig någon respekt hemma i södern för att de anslöt sig till unionsarmén. Det var inte konstigt att de deserterade i stort antal när de väl var utplacerade.
Fort Zarah och Fort Larned hade under en tid garnisoner med ett stort antal av dessa före detta konfedererade fångar. Anledningen till att unionen tog sin tillflykt till att utrusta konfedererade fångar var att armén kunde avvara få män för att skydda stigar och nybyggare.
Tillfälligt nog bemannades de flesta av de fort som armén upprättade tidvis helt och hållet av frivilliga eller milisstyrkor som restes för att bekämpa konfedererade. Andra funktioner som arméns fort fick var att fungera som postkontor och bli högkvarter för indianbyråer. Ett fort, Fort Lincoln, användes under en tid som fängelse för tillfångatagna sydstatare.
När inbördeskriget började upprättade många samhällen fort, de flesta byggda av timmerstockar. Vissa av dessa fort hade unika uppgifter. I Humboldt var en av dem en befäst kvarn medan en annan var en befäst torrvaruaffär. Fort Drinkwater fungerade som postkontor och Fort Montgomery (Eureka) fungerade som skolhus.
Styrkan hos de militära och samhälleliga forten varierade kraftigt. Överraskande nog var vissa av de fort som byggdes av samhällen betydligt mer försvarbara än vissa som byggdes av militären. Några av de allra starkaste forten upprättades dock av armén. Fort Sully, som byggdes med utsikt över Fort Leavenworth, byggdes på en plats som gjorde det praktiskt taget ointagligt. Camp Ben Butler, vid Baxter Springs, låg också på en praktiskt taget ointaglig plats.
Svagare fort var bland annat Fort Larned, som ursprungligen byggdes huvudsakligen av adobe. Typiskt sett började många militära fort som grupper av byggnader och grästäckta hyddor som skulle ha varit svåra att försvara om fullskaliga attacker hade genomförts mot dem. Fort Dodge och Zarah började också som svaga fort. Zarah slutade med att omvandlas till ett av delstatens starkaste fort.
Tre händelser fick Kansas att snabbt bygga fler fort och posteringar efter inbördeskrigets utbrott. Det ena var ett misslyckat försök av armén att befria östra Kansas från konfedererade gerillaattacker. Två gånger, 1861 och 1862, flyttade reguljära konfedererade styrkor in i sydöstra Kansas. Dessutom organiserade sig konfedererade indianstyrkor under överstelöjtnant John Jumper i maj 1862 för att inta Fort Larned i sydvästra Kansas. Indianerna tappade intresset för företaget och nådde aldrig fram till fortet. Arméns främsta bekymmer var dock att skydda Kansas mot gerillagrupper som terroriserade invånarna på båda sidor av gränsen mellan Kansas och Missouri.
Den 13 mars 1863 befordrades överste Thomas Ewing, Jr. till brigadgeneral och fick befälet över gränsdistriktet, som innefattade hela Kansas samt delar av andra jurisdiktioner. Ewings ansvarsområde var bland annat att hålla gränsen säker från gerillaattacker. För att åstadkomma detta beslutade Ewing att kedja arméposter längs gränsen mellan Kansas och Missouri från Missourifloden i norr till gränsen till Indian Territory i söder. Han ville ha tillräckligt många poster så att de inte skulle ligga längre än 16 miles från varandra. Nya poster som Coldwater Grove, Potosi och en rad poster vid Baxter Springs byggdes.
Under sommaren 1863 antog man att kedjan av poster längs gränsen skulle göra slut på gerillans plundringar i Kansas. Ett antal mindre räder ägde dock rum, varav ett inträffade så långt västerut som till Council Grove. Gerillan undvek arméns trupper, av vilka många var för oerfarna för sina patrulltjänster. Dessutom hade unionsstyrkorna många gånger hästar och vapen av sämre kvalitet än de som gerillan hade. Slutligen var några av unionsofficerarna under Ewings befäl rent av inkompetenta.
Nåväl rådde en falsk känsla av säkerhet. Lawrence, till exempel, antog till och med en förordning som förbjöd invånarna att inneha skjutvapen inom stadens gränser. Alla vapen och all ammunition skulle låsas in i stadens vapenförråd. Inte ens rekryterna i två läger i staden hade någon ammunition och befälhavaren för truppgruppen i Lawrence var tvungen att förvara sina sidovapen i vapenförrådet.
Denna falska känsla av säkerhet bröts plötsligt en varm och solig augustidag. På eftermiddagen den 20 augusti red gerillabefälhavaren William C. Quantrill och nästan 450 anhängare in i Kansas och gick mot Lawrence. Överraskande nog upptäckte ett antal personer Quantrills rörelser och garnisonen i Aubry, strax väster om Missourigränsen, såg gerillan passera nära sin post. Postchefen brydde sig inte ens om att försöka identifiera den passerande styrkan.
Nästa morgon stormade Quantrills män in i ett försvarslöst Lawrence och begick en av inbördeskrigets värsta grymheter. En stor del av Lawrence plundrades och brändes. Omkring 180 män och pojkar, praktiskt taget alla försvarslösa, sköts ihjäl. Omkring 6 000 unionssoldater och milismän från Kansas och Missouri försökte fånga eller förgöra gerillastyrkan, men praktiskt taget alla gerillasoldater kom undan. Den retirerande gerillan övermannade till och med tillfälligt posteringen i Paola under sin hastiga reträtt.
Ewing svarade med att utfärda General Orders No. 11, som beordrade en virtuell avfolkning av ett stort område på Missouris sida av gränsen. En del av idén var att beröva gerillan en operationsbas. Gerillaattackerna fortsatte dock med oförminskad styrka och många oskyldiga missourianer straffades av Ewings dekret.
Quantrill attackerade till och med Fort Blair (Fort Baxter), vid nuvarande Baxter Springs, den 6 oktober. Även om fortet framgångsrikt hölls, dödades 91 unionssoldater och arméanställda och cirka 25 skadades. Uppskattningsvis tre till 30 gerillasoldater dödades och minst tre skadades. Många av de unionssoldater som dog den dagen överlämnade sig till Quantrills män, som sedan mördade dem i en annan av krigets värsta grymheter.
Tillfälligt nog fanns de flesta av de posteringar som Ewing upprättade kvar, trots att man misslyckades med att stoppa gerillaangreppen. De utgjorde en viss avskräckning. Utan dem skulle förmodligen fler räder ha genomförts.
Under 1864 ledde ökade konfrontationer med indianer till att nya samhälls- och arméfortar byggdes. Tydligen hölls i mars 1864 många rådslag bland indianstammarna där ämnet var försök att hålla de vita borta från områden som ockuperades av indianerna. Sent på våren började slättlandsindianer attackera vita bosättningar och resenärer i de västra två tredjedelarna av Kansas i ett försök att tvinga ut de vita.
Ett resultat var förekomsten av räder för att säkra hästar från Fort Larned och Fort Ellsworth. Eftersom alla trupper som kunde sparas skickades för att bekämpa konfederationerna användes också galvaniserade yankee-enheter för att förstärka vissa garnisoner. Vissa fort för nybyggare togs i bruk för att skydda samhällen mot indianangrepp. Ett antal nya arméposter och samhällsfort byggdes för att skydda områden mot fientliga indianer. De västra två tredjedelarna av Kansas belägrades under nästa vinter.
Hösten 1864 valdes generalmajor Sterling Price, en tidigare guvernör i Missouri, att leda en konfedererad invasion (Price’s Missouri Raid) för att erövra St Louis och invadera Illinois. Invasionen började den 28 augusti då Price startade i sydvästra Arkansas med 12 000 dåligt utrustade trupper. Han förväntade sig att erövra och hålla St Louis. När han möttes av 6 000 unionstrupper där ändrade Price sina planer. Han bestämde sig i stället för att återta Missouri för konfederationen.
Price konfronterades ständigt av federala trupper eller milisen i delstaten Missouri och kunde inte permanent ockupera några områden. Hans invasion förvandlades till en glorifierad razzia, eftersom han var avskuren från konfederationens stöd i Arkansas och Texas. När Price vände sig västerut från St Louis blev dock myndigheterna i Kansas oroliga. I mitten av oktober närmade sig Price Kansas City.
Hotet från Price orsakade en reaktion som förändrade statusen för många fort och poster i östra Kansas. Många orter skickade trupper för att möta konfederaterna. Ett antal små arméposter utrymdes eller reducerades till skelettgarnisoner för att så många soldater som möjligt skulle kunna möta Prices män. Nya fort upprättades för att hjälpa till att försvara Fort Leavenworth, Lawrence och Topeka (delstatens huvudstad) mot konfedererade.
Hotet mot östra Kansas var mycket verkligt. Price kommenterade att han ville äta middag på Fort Leavenworth, ett tecken på att han hoppades kunna erövra denna viktiga post. Price fortsatte att röra sig västerut, men fick ett avgörande nederlag den 23 oktober i slaget vid Westport. Westport låg strax sydost om Kansas City. Detta nederlag satte stopp för de konfedererade framstötarna och tvingade inkräktarna till en snabb reträtt mot säkert territorium.
Denna reträtt skedde längs gränsen mellan Kansas och Missouri och närvaron av så många konfedererade störde den linje av poster som Ewing hade upprättat. På vägen söderut hotades ett antal poster och arméposterna vid Trading Post och Potosi ockuperades kortvarigt av Prices män. Den 25 oktober besegrades konfederaterna återigen i slaget vid Mine Creek. Mine Creek låg nära Mound City, där en annan viktig post låg.
Dagen för slaget förstördes den gamla posten Fort Lincoln av konfedererade. Efter att ha hotat staden och posten Fort Scott lämnade Prices trupper området. Flera av de poster som övergavs av de federala styrkorna under Prices räder öppnades inte på nytt. Striderna lämnade många sårade på båda sidor och många av dessa fördes till Mound City och Fort Leavenworth.
Med slutet av Prices razzia avtog gerillaaktiviteten längs gränsen. Den försvann aldrig helt förrän ungefär ett år efter general Robert E. Lees kapitulation i Virginia i april 1865. Det var först då som de flesta samhälls- och arméposter stängdes, eftersom de inte längre behövdes.