I början av de makedonska krigen 214 f.Kr. gjorde Filip V av Makedonien flera aggressioner mot romerska allierade. Dessutom verkade Makedonien vara ett hot då det valde att alliera sig med Karthago under de puniska krigen. Rom, som hade att göra med Hannibal på sin egen halvö, skickade dock några trupper över Adriatiska havet, men kunde inte fullt ut ta itu med situationen. Många grekiska städer och stadsstater, som föraktade det makedonska styret, bildade dock det etoliska förbundet och allierade sig med romarna. Kriget såg inga större romerska insatser och slutade obeslutsamt med vapenvila mellan det etoliska förbundet och Makedonien 205 f.Kr.

Efter det andra puniska kriget vädjade dock både Pergamon och Rhodos till Rom om stöd på grund av deras rädsla för Filip V:s förmodade allians med Antiochus III från det seleukidiska riket. Rom skickade en armé under Quinctius Flamininus för att bekämpa makedonierna, och gav sig iväg med sina allierade från Aetoliska förbundet till Larissa för att leta efter Filip. Arméerna möttes i närheten av Pherae, där Filip med sina allierade hade befälet över cirka 25 000 trupper mot Flaminimus’ 33 000. Striden utspelade sig vid Cynoscephalae, en grupp åsar formade som ett hundhuvud.

Filip skickade en framryckningsstyrka för att inta kullarna, medan Flamininus, som var ovetande om Filips position, skickade en del av sitt kavalleri och lätta infanteri som spanare. Dessa blev anfallna av Filips framryckningsstyrka. Filip skickade sitt kavalleri, som kunde driva romarna nedför kullen, tills deras tunga infanteri engagerade och drev tillbaka den makedonska styrkan. Vid denna tidpunkt hade Filips armé börjat placera ut sig på toppen av åsen, och han beordrade falangen, som hade nått toppen av åsen, att fördubbla sitt djup. Filip formade sin armé på den högra flygeln och skickade ner dem i ett anfall. Med hjälp av tyngden i sin formation och den höga marken kunde makedonierna tvinga tillbaka romarna.

Som sin vänster pressades tillbaka av falangen tog Flamininus befälet över sin höger. Då han observerade att de makedonska falangiterna till vänster just hade kommit upp på kullen och var sysslolösa, beordrade han sina legioner, ledda av elefanter, att anfalla. Med Filip till höger var makedonierna ledarlösa och dessutom sårbara på grund av den branta terrängen. De bröt samman under elefanternas anfall och hade inte ens bildat sin falang. Efter att ha brutit den makedonska vänstern tog en tribun 20 manipuler till höger som var i förföljelse, ändrade sina formationer och slog den makedonska högern i ryggen. Eftersom falangen inte kunde vända snabbt dödades många makedonier, och fler i sin tur kastade ner sina vapen i kapitulation.

Enligt Polybius gav Filip sedan upp flykten och drog sig tillbaka mot Tempe. Förlusterna enligt Polybius uppgick till 700 romerska förluster och 8 000 makedonier. Många anser dock att denna skillnad är något överdriven och att de verkliga siffrorna ligger närmare 5 000 makedonier och 2 000 romare.

Efter sitt nederlag mot romarna undertecknade Filip fördraget i Tempea, som förbjöd honom att blanda sig i angelägenheter i nedre Grekland eller på annat sätt utanför sina gränser.

Av den klassiska världen hade den makedonska falangen fram till Cynoscephalae betraktats som den överlägsna styrkan. Hur kunde då romarna besegra den? Polybius delar med sig av sina tankar om detta. Den makedonska falangen, som är uppställd på sexton djup i nära ordning, är nästan ostoppbar när den förenas som en frontalattack. Denna formation kräver dock mycket speciella omständigheter med en mark som är obruten av hinder och jämn i naturen. Dessutom tenderar denna formation, när den antingen förföljer en fiende eller drivs tillbaka av en fiende, att ha avbrott, vilket skapar en svaghet i fronten. Hela falangen måste slåss tillsammans, medan den romerska legionären är effektiv som en enskild trupp eller som en avdelning från huvudstyrkan. Detta gör det möjligt för romarna att hålla en del av sin armé i reserv, att övermanövrera en falang eller annan fiendeformation, eller att förstärka där romarna är svaga.

Detta skulle återigen visa sig när Makedonien återigen skulle utmana Rom under Perseus, son till Filip V. Genom att bryta fördraget i Tempea försökte han återupprätta Makedoniens internationella makt. Hans falangstyrka hade inledande framgångar innan han mötte Paullus i slaget vid Pydna 18. I likhet med Cynoscephalae hade falangerna inledande framgångar, men när de tryckte tillbaka det romerska infanteriet över ojämnt underlag bildades luckor i deras linjer som gjorde det möjligt för legionärer att tränga igenom muren av pikar och flankera deras ostadiga formation, vilket återigen ledde till att infanteriet bröt sig loss och flydde. Perseus flydde också och fördes tillbaka till Rom i kedjor, medan Rom splittrade Makedonien i fyra marionettregeringar som det kontrollerade.

Balkanhalvön skulle komma att bli platsen för flera fler grekisk-romerska konflikter, men efter Pydna stod det fast vem som var överlägsen. Både de syriska krigen mot Rom och det seleukidiska riket samt de sista upproren i både Makedonien och Achaea slutade med överväldigande romerska segrar och gav den romerska republiken betydande provinser att kontrollera. Ett sådant herravälde fastställdes slutgiltigt 146 f.Kr. i och med att Rom förstörde både Korint och Karthago.