Den genomgick många omväxlingar efter utvisningen av jesuiterna, som först beordrades av Karl III av Spanien 1767, och sedan under åren 1850 och 1861, under de första åren av den republikanska eran. Under många år fungerade den som en park till de intilliggande kasernerna, som upptog en del av Jesuiterkompaniets husskola.

Dess arkitektur motsvarar den stil som kallas ”jesuitisk”, av typ som benämns ”av predikning”. En stor del av fasaden är huggen i sten från ön Tierrabomba, och inuti, i botten av huvudaltaret i marmor som importerats från Italien av biskop Eugenio Biffi, ligger ägarens reliker i en urna i guldbrons och glas, en gåva från påven Leo XIII.

År 1921 avlägsnades den typiska apelsinhalvan och den nuvarande kupolen, som är ett verk av Lelarge, uppfördes. Kyrkans framsida avviker från barockstilen i andra entréer. Det finns en andra våning ovanför kapellen, som står i förbindelse med varandra genom bågar av halvspets och är täckta med aristavalv. Denna kyrka har en orgel och en kör som liknar dem i Archbasilica of St. John Lateran i Rom.

Inredningen i kompaniets kyrka utmärker sig genom de arkitektoniska elementens stränghet, i kontrast till det barocka överflödet som jesuiterna använde sig av i andra delar av Spanska Amerika. Dess fasad anses vara den rikaste och mest monumentala i Cartagena.