Cisterciensernas kloster var alla ordnade enligt en bestämd plan, såvida inte omständigheterna på platsen förbjöd det. En stark mur, som med jämna mellanrum var försedd med vakttorn och andra försvarsmekanismer, omgav klosterområdet. Bortom den fanns en vallgrav, som på konstgjord väg avleddes från de bifloder som flödar genom området, och som helt eller delvis omslöt muren. Detta vatten försåg klostret med en riklig tillgång till vatten för bevattning, sanitet och för användning av kontor och verkstäder.
En ytterligare mur, som löpte från norr till söder, delade klostret i en ”inre” och en ”yttre” avdelning. I den inre avdelningen fanns klosterbyggnaderna, medan jordbruket och andra hantverksarbeten utfördes i den yttre avdelningen.
Indomarområdet var tillgängligt genom en port i den yttersta västra änden, som gav tillträde till den nedre avdelningen. Här fanns lador, spannmålsmagasin, stall, shambles (slaktgård), verkstäder och arbetarnas bostäder. Bekvämlighet var det enda som beaktades vid utformningen. Ett enda porthus gav möjlighet till kommunikation genom den mur som skiljde den yttre från den inre avdelningen.
När munkar och besökare passerade genom porten kom de in på den inre avdelningens yttre gård och mötte den västra fasaden på klosterkyrkan. Omedelbart till höger om ingången låg abbotens bostad, i nära anslutning till gästhuset. På andra sidan gården fanns stall för gästernas och deras följeslagares hästar. Kyrkan hade en central position, med den stora klosterkyrkan i söder, omgiven av de viktigaste klosterbyggnaderna. Längre österut fanns i den mindre klosterkyrkan sjukstugan, novisernas bostäder och bostäder för de äldre munkarna. Bortom den mindre klosterkyrkan, och åtskild från klosterbyggnaderna med en mur, låg grönsaksträdgårdarna och fruktträdgårdarna. Stora fiskdammar fanns också i området öster om klosterbyggnaderna. Dammarna var ett viktigt inslag i klosterlivet och munkarna lade stor vikt vid deras konstruktion och underhåll. De finns ofta kvar som ett av de få synliga spåren av dessa enorma kloster.
Kyrkan består av ett stort skepp med elva vikar som man kommer in i genom ett narthex, med ett tvärskepp och ett kort absidkor. Öster om varje sida av tvärskeppet finns två fyrkantiga kapell, uppdelade enligt cisterciensernas regel med solida väggar. Nio strålande kapell, som är indelade på samma sätt, omger absiden. Munkarnas bås upptar de fyra östra vikarna i skeppet och bildar det rituella koret. I de yttersta västra vikarna i skeppet fanns en andra rad stolar för de lekmannamässiga bröderna. Klostret låg söder om kyrkan så att dess invånare kunde dra nytta av rikligt med solsken.
Kapitelhuset öppnade sig från klostrets östra gång parallellt med det södra tvärskeppet.
Wikimedia Commons har media som rör Abbaye de Clairvaux.