PeptideProphetTM

PeptideProphetTM validerar automatiskt peptidtilldelningar till MS/MS-spektra som görs av databassökningsprogram som SEQUEST. Från varje dataset lär sig programmet fördelningar av sökresultat och peptidegenskaper bland korrekta och felaktiga peptider, och använder dessa fördelningar för att för varje resultat beräkna sannolikheten för att det är korrekt. Relevanta peptidegenskaper är bl.a. antalet ändar som är kompatibla med enzymatisk klyvning (för sökningar utan begränsningar), antalet missade enzymatiska klyvningar, massadifferensen i förhållande till prekursorjonen, förekomsten av lätta eller tunga cystein (för ICAT-experiment) och förekomsten av ett N-glykosyleringsmotiv (för N-glykosyleringsinfångningsexperiment). PeptideProphet kan användas som ett andra steg efter analysen av MS/MS-spektra som genereras från vilken typ av masspektrometer som helst, och tilldelade peptider med hjälp av vilket antal databassökningsprogram som helst.

Denna programvara utvecklades vid Institute for Systems Biology i Seattle och beskrivs i Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Typiskt sett följs PeptideProphet-analysen av ProteinProphet, som grupperar peptiderna efter motsvarande protein(er) för att beräkna sannolikheterna för att dessa proteiner fanns i det ursprungliga provet.

PeptideProphet är en komponent i den LC/MS/MS-analysledning med öppen källkod som utvecklats vid ISB

Andra komponenter inkluderar:

Varför öppen källkod?

• Mjukvara med öppen källkod ger dig en flexibilitet som inte kan jämföras med någon proprietär källkod. Den kan enkelt skräddarsys för att tillgodose dina särskilda behov.
• Mjukvara med öppen källkod ger dig full insyn i hur dina data hanteras.
• Mjukvara med öppen källkod är troligen det mest demokratiska sättet att etablera en allmänt accepterad standard för dataanalys.

Hur kan jag hjälpa till?

Det finns många sätt du kan hjälpa oss på och du behöver inte vara masspektrometriker eller programmerare för att göra det.Det enklaste sättet att hjälpa oss är att ge oss feedback på våra verktyg! Låt oss veta om något inte fungerar, om en ändring av ett visst verktyg skulle göra det mer användbart, om det finns ett användbart verktyg eller en funktion som saknas, etc. Om du tror att du är kvalificerad att hjälpa oss på mer specifika sätt, skriv till oss! Vi lägger gärna till ditt namn i utvecklarsektionen 🙂