Analys av metabolomet med täckning av alla eventuellt detekterbara komponenter i provet, snarare än analys av varje enskild metabolit vid en viss tidpunkt, kan åstadkommas genom metabolisk analys. Målinriktade och/eller icke-målinriktade metoder tillämpas efter behov för särskilda experiment. Övervakning av hundratals eller fler metaboliter vid en given tidpunkt kräver höggenomströmning och avancerade tekniker som gör det möjligt att undersöka relativa förändringar i, snarare än absoluta koncentrationer av, föreningar inom ett brett dynamiskt område. De flesta analytiska tekniker som är användbara för dessa ändamål använder GC- eller HPLC/UPLC-separationsmoduler kopplade till en snabb och exakt masspektrometer. GC-separationerna kräver kemisk modifiering (derivatisering) före analys och fungerar effektivt för små molekyler. HPLC-separationerna är bättre lämpade för analys av labila och icke-flyktiga polära och opolära föreningar i sin ursprungliga form. Direktinfusion och NMR-baserade tekniker används oftast för fingeravtryck och snabbfenotypning, i förekommande fall. Upptäckt och validering av metaboliska biomarkörer är spännande och lovande möjligheter som erbjuds genom metabolisk analys tillämpad på biologiska och biomedicinska experiment. Vi har visat att GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS och HILIC-LC-MS tekniker som används för metabolisk analys ger tillräcklig kartläggning av metabolismen och ger forskarna tillförlitliga data för efterföljande multivariata analyser och datautvinning.