Minamata, stad, Kumamoto ken (prefektur), sydöstra Kyushu, Japan. Den ligger nära den södra änden av Yatsushirobukten.

En företagsstad för Nippon Chisso Hiryo Company, vars huvudprodukter är kemiska gödningsmedel, karbid och vinylklorid. Minamata var traditionellt en fiskehamn och har regelbundna sjövägsförbindelser med ön Amakusa, huvudön i Amakusa skärgård. Varma källor finns i närheten.

Efter 1956 uppmärksammades en ibland dödlig sjukdom som kom att kallas ”Minamata-sjukdomen” bland lokala fiskare och deras familjer. Orsaken fastställdes vara en kvicksilverorganisk förening i avfall som lokala kemiska fabriker släppte ut i havet. Denna förening koncentrerades i fisk och skaldjur som sedan konsumerades av lokalbefolkningen. De som drabbas av sjukdomen lider av kvicksilverförgiftning, vilket kan leda till mental retardation, allvarliga fosterskador, syn- och hörselnedsättning, förlamning och död. Minamata-sjukdomen var den första sjukdomen vars orsak erkändes som industriell förorening av havsvatten och väckte världsomfattande oro och bidrog i hög grad till att stimulera utvecklingen av miljöskyddsrörelsen. Minamatabukten konstaterades vara kvicksilverfri i juli 1997. Nät som skulle hindra fisken från att simma ut i de omgivande vattnen togs bort. Pop. (2005) 29,119; (2010) 26,978.