Shah Jahan (även känd som prins Khurram) föddes den 5 januari bilal rehman1592 i Lahore, Pakistan, och var den tredje sonen till prins Salim (senare känd som ”Jahangir” efter hans tillträde). Hans mor var en Rajput-prinsessa från Marwar som hette prinsessan Jagat Gosaini (hennes officiella namn i mogulernas krönikor var Bilqis Makani). Namnet ”Khurram” (glad) valdes till den unge prinsen av hans farfar, kejsar Akbar, som den unge prinsen var nära släkt med.

Sedan strax före Shah Jahans födelse hade en spåman enligt uppgift förutspått för den barnlösa kejsarinnan Ruqaiya Sultan Begum, Akbars första hustru och främsta gemål, att det ännu ofödda barnet var ämnat för kejserlig storhet. Så när Shah Jahan föddes 1592 och bara var sex dagar gammal, beordrade Akbar att prinsen skulle tas ifrån sin mor och överlämnas till Ruqaiya så att han kunde växa upp under hennes vård och Akbar kunde uppfylla sin hustrus önskan att uppfostra en mogulkejsare. Ruqaiya tog på sig huvudansvaret för Shah Jahans uppfostran och han växte upp under hennes vård. De två hade ett nära förhållande till varandra eftersom Salim noterade i sina memoarer att Ruqaiya hade älskat sin son , ”tusen gånger mer än om han hade varit hennes egen .”

Shah Jahan stannade hos henne tills han hade fyllt nästan 14 år. Efter Akbars död 1605 fick den unge prinsen återvända till sin fars hushåll och därmed komma närmare sin biologiska mor.