Shakira föddes i Barranquilla, Colombia. Hon är det enda barnet till Nidia Ripoll och William Mebarak Chadid. Hennes farföräldrar i faderskap emigrerade från Libanon till New York City, där hennes far föddes. Från sin mor, Nidia Ripoll, har hon spansk (katalansk och kastiliansk) och italiensk härkomst. Hon har åtta äldre halvsyskon från faderns tidigare äktenskap. Shakira tillbringade en stor del av sin ungdom i Barranquilla, en stad som ligger på Colombias norra karibiska kust. Shakira skrev sin första dikt med titeln ”La Rosa De Cristal” (”Kristallrosen”) när hon bara var fyra år gammal. När hon växte upp fascinerades hon av att se sin far skriva berättelser på en skrivmaskin och bad om en sådan i julklapp. Hon fick en skrivmaskin vid sju års ålder och har sedan dess fortsatt att skriva poesi. Dessa dikter utvecklades så småningom till sånger. När Shakira var två år gammal omkom en äldre halvbror i en motorcykelolycka och vid åtta års ålder skrev Shakira sin första sång med titeln ”Tus gafas oscuras” (”Dina mörka glasögon”), som inspirerades av hennes far, som i åratal bar mörka glasögon för att dölja sin sorg.