Analiza metabolomu z pokryciem wszystkich możliwych do wykrycia składników w próbce, zamiast analizy każdego indywidualnego metabolitu w danym czasie, może być osiągnięta przez analizę metaboliczną. Ukierunkowane i/lub nieukierunkowane podejścia są stosowane w zależności od potrzeb poszczególnych eksperymentów. Monitorowanie setek lub więcej metabolitów w danym czasie wymaga technik o wysokiej wydajności i wysokiej klasy, które umożliwiają badanie względnych zmian, a nie bezwzględnych stężeń związków w szerokim zakresie dynamicznym. Większość technik analitycznych przydatnych do tych celów wykorzystuje moduły separacyjne GC lub HPLC/UPLC sprzężone z szybkim i dokładnym spektrometrem mas. Separacje GC wymagają modyfikacji chemicznej (derywatyzacji) przed analizą i działają efektywnie dla małych cząsteczek. Separacje HPLC są lepiej przystosowane do analizy labilnych i nielotnych związków polarnych i niepolarnych w ich natywnej formie. Techniki oparte na bezpośredniej infuzji i NMR są najczęściej wykorzystywane do fingerprintingu i fenotypowania, tam gdzie ma to zastosowanie. Odkrycie i walidacja biomarkerów metabolicznych to ekscytujące i obiecujące możliwości oferowane przez analizę metaboliczną stosowaną w eksperymentach biologicznych i biomedycznych. Wykazaliśmy, że techniki GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS i HILIC-LC-MS stosowane w analizie metabolicznej oferują wystarczające mapowanie metabolomu, dostarczając badaczom wiarygodnych danych do późniejszej analizy wielowymiarowej i eksploracji danych.