Postępy w obrazowaniu obejmujące połączenie parametrów morfologicznych i czynnościowych jeszcze bardziej poprawiły skuteczność diagnostyczną MRI. Dzięki temu większość nieokreślonych mas w USG i TK może być prawidłowo zdiagnozowana za pomocą MRI. MRI jest najbardziej korzystne u kobiet z niskim prawdopodobieństwem wystąpienia raka. Endometriomy, które w TK i USG często naśladują raka jajnika, w MRI wykazują specyficzne cechy obrazowe. Dotyczy to również leiomyoma subserous, które często są trudne do odróżnienia od litych mas jajnikowych w badaniu USG. Dokładna analiza anatomicznych punktów orientacyjnych i wzorców przemieszczeń pomaga w różnicowaniu łagodnych guzów pozajelitowych, zwłaszcza pochodzenia pozaotrzewnowego, np. nerwiaków, od raka jajnika. Niektóre złożone torbielowate i lite masy przydatków mogą być trudne do odróżnienia od raka jajnika. W tych zmianach integracja wyników badań klinicznych pozwoli w większości przypadków na odróżnienie zmian łagodnych od nowotworowych. Skręt jajnika, krwiak miednicy i ciąża pozamaciczna są zwykle związane z bólem miednicy. Ból i laboratoryjne wyniki badań zapalnych sugerują ropień jajnika (tubo ovarian abscess – TOA). TOA może imitować raka jajnika nawet w zaawansowanych badaniach obrazowych, w tym MRI i PET/CT. Aspergiloza, podtyp TOA, naśladuje raka jajnika ze względu na złożoną morfologię i inwazyjny wzorzec wzrostu. Różnicowanie gruźlicy otrzewnej z zaawansowanym rakiem jajnika jest trudne i wymaga biopsji .