Shakira urodziła się w Barranquilla, Colombia. Jest jedynym dzieckiem Nidii Ripoll i Williama Mebaraka Chadida. Jej ojcowscy dziadkowie wyemigrowali z Libanu do Nowego Jorku, gdzie urodził się jej ojciec. Po matce, Nidii Ripoll, ma hiszpańskie (katalońskie i kastylijskie) i włoskie pochodzenie. Ma ośmioro starszego przyrodniego rodzeństwa z poprzedniego małżeństwa ojca. Shakira spędziła większość swojej młodości w Barranquilla, mieście położonym w północnej części karaibskiego wybrzeża Kolumbii. Swój pierwszy wiersz, zatytułowany „La Rosa De Cristal” („Kryształowa Róża”), Shakira napisała w wieku zaledwie czterech lat. Gdy dorastała, z fascynacją obserwowała ojca piszącego opowiadania na maszynie do pisania i poprosiła o taką w prezencie gwiazdkowym. Dostała maszynę do pisania w wieku siedmiu lat i od tego czasu kontynuowała pisanie wierszy. Wiersze te w końcu przekształciły się w piosenki. Kiedy Shakira miała dwa lata, starszy przyrodni brat zginął w wypadku motocyklowym, a w wieku ośmiu lat Shakira napisała swoją pierwszą piosenkę, zatytułowaną „Tus gafas oscuras” („Twoje ciemne okulary”), która została zainspirowana przez jej ojca, który przez lata nosił ciemne okulary, aby ukryć swój smutek.