Pod rządami książąt-biskupów

W 1516 r. nastąpiła zmiana w konstytucji Czarnogóry, którą wielu historyków uważa za zapewniającą jej przetrwanie jako niezależnego państwa. Ostatni z dynastii Crnojević wycofał się do Wenecji i powierzył sukcesję biskupom z Cetinje. Wcześniej lojalność drobnych wodzów i chłopów wobec władców była niestabilna. Nie było niczym niezwykłym, że kontrola polityczna na Bałkanach przechodziła od władców słowiańskich do Turków osmańskich, nie z powodu porażki tych pierwszych w bitwie, ale z powodu niepowodzenia lokalnych możnowładców w zapewnieniu sobie poparcia poddanych. W Czarnogórze pozycja vladika, jak nazywano księcia-biskupa, przyniosła stabilność przywództwa na tym terytorium. Związek między kościołem a państwem podniósł ją w oczach chłopów, zinstytucjonalizował formę sukcesji i wykluczył możliwość kompromisowych sojuszy z Turkami.

Niemniej jednak okres ten był trudny dla małej, wówczas pozbawionej dostępu do morza Czarnogóry, która niemal nieustannie pozostawała w stanie wojny z Imperium Osmańskim. Samo Cetinje zostało zdobyte w 1623 roku, w 1687 roku i ponownie w 1712 roku. Trzy czynniki tłumaczą, że Osmanom nie udało się go całkowicie opanować: uparty opór ludności, niegościnny charakter terenu (o którym mówiło się, że „mała armia jest pokonana, duża umiera z głodu”) oraz umiejętne wykorzystanie dyplomatycznych powiązań z Wenecją.

Od 1519 do 1696 roku stanowisko Władyki było wybieralne, ale w tym ostatnim roku Danilo Nikola Petrović został wybrany na to stanowisko (jako Danilo I) z nowym przepisem o możliwości mianowania własnego następcy. Chociaż duchowni prawosławni mogą się żenić, biskupi są zobowiązani do celibatu; w konsekwencji Danilo przekazał swój urząd bratankowi, ustanawiając tradycję, która trwała do 1852 r.

Dwie ważne zmiany zaszły w szerszym kontekście europejskim dla Czarnogóry za panowania Danilo: ekspansja terytorium osmańskiego została stopniowo odwrócona, a Czarnogóra znalazła w Rosji nowego potężnego patrona, który zastąpił podupadającą Wenecję. Ustępowanie osmańskiej fali okazało się znaczące dla czarnogórskiej tożsamości religijnej, która, jak się wydaje, była szczególnie niestabilna przez cały XVIII wiek. Pomimo ustanowienia prawosławnej polityki teokratycznej i apokryficznej masowej rzezi tych, którzy przeszli na islam („czarnogórskie nieszpory” z Wigilii Bożego Narodzenia 1702 roku), istnieją kontrowersyjne dowody na to, że linie rodowe Czarnogórców zmieniały się w bardzo płynny sposób nie tylko pomiędzy religią rzymskokatolicką a muzułmańską, ale także pomiędzy tożsamością czarnogórską a albańską. Wydaje się, że w obliczu niepewności co do tego, kto sprawuje władzę w regionie, różnorodność była często traktowana jako rodzaj zbiorowej polisy ubezpieczeniowej. Prawosławna tożsamość Czarnogóry stopniowo się stabilizowała, jednak wraz z osłabieniem władzy Osmanów. Rzymski katolicyzm utrzymał się na tym obszarze i tylko w czasach nowożytnych czarnogórscy katolicy identyfikowali się jako Chorwaci.

Zastąpienie Wenecji przez patronat rosyjski było szczególnie istotne, ponieważ przyniosło pomoc finansową (po wizycie Danilo I u Piotra Wielkiego w 1715 roku), skromne korzyści terytorialne i formalne uznanie w 1799 roku przez Portę Osmańską niepodległości Czarnogóry jako państwa pod rządami vladika Petara Petrovića Njegoša (Piotra I). Rosyjskie wsparcie na Kongresie Wiedeńskim w 1815 roku, po ostatecznej klęsce cesarza Francuzów Napoleona I, nie zapewniło Czarnogórze dostępu do morza, mimo że Czarnogórcy uczestniczyli w przejęciu Zatoki Kotorskiej od sił francuskich w 1806 roku.