Wiele tradycyjnych przeciwwskazań do hormonalnej terapii zastępczej (HRT) opiera się na teoretycznym potencjale tych hormonów do pogorszenia procesu chorobowego i rzadko opiera się na danych potwierdzających. W niniejszym przeglądzie omówiono dostępne dane i ich brak, które utrudniają przepisywanie HRT w różnych typowych chorobach. W każdym przypadku zakłada się, że wypróbowano już konserwatywne, oparte na dowodach naukowych metody leczenia, a objawy menopauzalne są nadal upośledzające i obniżają jakość życia. Dostosowanie produktu, dawki, drogi podania i schematu może pozwolić na uniknięcie niektórych teoretycznych zagrożeń związanych z HRT u poszczególnych kobiet lub w określonych stanach chorobowych; przedstawiono wytyczne dotyczące poszczególnych chorób współistniejących. W szczególności omówiono, że dostosowana HRT może być stosowana bez mocnych dowodów szkodliwego działania po raku jajnika, raku endometrium, większości innych nowotworów ginekologicznych, raku jelita grubego, czerniaku, raku piersi w wywiadzie rodzinnym, łagodnej chorobie piersi, u nosicielek mutacji BRACA, po raku piersi, jeśli nie jest stosowana terapia adiuwantowa, przebytej chorobie zakrzepowo-zatorowej, żylakach, włókniakach i przebytej endometriozie. Względnymi przeciwwskazaniami są istniejące choroby układu krążenia i naczyniowo-mózgowego oraz rak piersi leczony terapiami adiuwantowymi. We wszystkich tych trudnych sytuacjach zaleca się konsultację z innymi opiekunami i pisemną zgodę, ale żadne schorzenie nie stanowi bezwzględnego przeciwwskazania do HRT, jeśli rozumie się potencjalne ryzyko, jeśli HRT jest skuteczna w kontroli objawów i jeśli jakość pozostałego życia jest najważniejsza.