W dniu 29 stycznia 1861 r. Kansas został przyjęty do unii jako wolny stan, co było porażką dla sprawy południowej. Nawet wtedy element południowy pozostał mocno zakorzeniony w wielu społecznościach wschodniego Kansas. Gdy wybuchła wojna secesyjna, około 20.000 mężczyzn z Missouri wstąpiło do armii Unii, podczas gdy około 1.000 dołączyło do sił Konfederacji. Jednak wielu południowców z całego serca poparło Unię, ponieważ chcieli, aby Kansas pozostało ich domem.
Przejście od statusu terytorialnego do państwowości przyniosło pewne zmiany w typach fortów istniejących w Kansas. Zniknęła partyzancka rywalizacja. Nadal istniało wiele fortów osadniczych, które miały chronić przed atakami Indian. Prawdopodobnie tylko jeden obóz, Livingston’s Hideout, istniał jako konfederacka placówka w Kansas podczas wojny secesyjnej. Jednak inne stałe kryjówki mogły istnieć po stronie Kansas w rejonie Wyandotte (Kansas City) i Olathe. Wszystkie pozostałe znajdowały się po stronie Unii. Wzrosła też liczba fortów. W 1861 roku stan posiadał 26, a do 1864 roku liczba ta wzrosła do 43. Do końca wojny w 1865 roku, stan nadal miał 36 fortów i posts.
Forty nadal służył podobne cele jak w terytorialnych dni. Armia utrzymywała niektóre z nich, aby chronić podróżników i osadników przed Indianami. Niektóre z nowych posterunków Armii zostały jednak utworzone w celu ochrony społeczności wzdłuż granicy Kansas i Missouri przed regularnymi i partyzanckimi siłami Konfederacji.
Inne posterunki Armii, takie jak Fort Scott, Fort Leavenworth i Fort Riley, służyły jako kwatery administracyjne w łańcuchu fortów rozciągającym się na zachodzie. Forty Leavenworth i Scott stały się również głównymi bazami operacyjnymi w celu odzyskania części Terytorium Indiańskiego, Missouri i Arkansas od Konfederacji. Riley, Leavenworth i Scott były wykorzystywane do innych różnych celów. Niekiedy wszystkie trzy przetrzymywały wielu konfederackich jeńców. Leavenworth było używane do przekształcania pojmanych Konfederatów w „Galvanized Yankees”
Tacy Galvanized Yankees byli konfederackimi więźniami organizowanymi w nowe kompanie Unii używane do obsadzania przygranicznych fortów głęboko na terytoriach przemierzanych przez Indian. Nigdy nie byli oni wykorzystywani do walki z innymi Konfederatami, ponieważ mogli odmówić walki ze swoimi byłymi sojusznikami. Większość Galvanized Yankees prawdopodobnie zaciągnęła się do takich jednostek, aby uciec od ponurych warunków panujących w obozach jenieckich.
Ci „zreformowani” Konfederaci byli pogardzani przez innych żołnierzy Unii, ponieważ ci ostatni uważali, że ci ludzie najpierw okazali się zdrajcami Unii, a następnie stali się zdrajcami Konfederacji. Byli więc postrzegani jako podwójni zdrajcy bez żadnych cech odkupieńczych. Ponadto, Galvanized Yankees nie mogli liczyć na szacunek w domu na południu za wstąpienie do armii Unii. To nie było nic dziwnego, że zdezerterowali w dużych ilościach raz rozmieszczone.
Fort Zarah i Fort Larned przez pewien czas miał garnizony z dużą liczbą tych byłych więźniów Konfederacji. Powodem, dla którego Unia uciekała się do wyposażania konfederackich więźniów, było to, że Armia mogła oszczędzić niewielu ludzi do ochrony szlaków i osadników.
Nawiasem mówiąc, większość fortów założonych przez Armię była obsadzona czasami całkowicie przez ochotników lub siły milicyjne podniesione do walki z Konfederatami. Inne funkcje nadane fortom Armii obejmowały służenie jako urzędy pocztowe i stawanie się siedzibami agencji indiańskich. Jeden fort, Fort Lincoln, był przez pewien czas używany jako więzienie dla pojmanych Konfederatów.
Po rozpoczęciu wojny secesyjnej wiele społeczności założyło forty, w większości zbudowane z drewnianych bali. Niektóre z tych fortów miały wyjątkowe obowiązki. W Humboldt, jeden z nich był ufortyfikowanym młynem, podczas gdy inny był ufortyfikowanym sklepem z suchymi towarami. Fort Drinkwater służył jako urząd pocztowy, a Fort Montgomery (Eureka) jako dom szkolny.
Siła wojskowych i społecznych fortów była bardzo zróżnicowana. Zaskakująco, niektóre z fortów zbudowanych przez społeczności były znacznie łatwiejsze do obrony niż niektóre zbudowane przez wojsko. Kilka z najsilniejszych fortów, jednakże, zostało założonych przez armię. Fort Sully, wzniesiony nad Fort Leavenworth, został zbudowany w miejscu, które czyniło go praktycznie nie do zdobycia. Obóz Ben Butler, w Baxter Springs, również znajdował się w miejscu praktycznie nie do zdobycia.
Słabsze forty obejmowały Fort Larned, pierwotnie zbudowany głównie z adobe. Zazwyczaj wiele fortów wojskowych zaczynało jako grupy budynków i ziemianek krytych dachem z sodu, które byłyby trudne do obrony, gdyby przeprowadzono przeciwko nim ataki na pełną skalę. Forty Dodge i Zarah również zaczynały jako słabe forty. W końcu Zarah został przekształcony w jeden z najsilniejszych fortów stanu.
Trzy wydarzenia sprawiły, że po wybuchu wojny secesyjnej Kansas zaczęło szybko budować kolejne forty i posterunki. Jednym z nich były nieudane wysiłki armii mające na celu uwolnienie wschodniego Kansas od konfederackich ataków partyzanckich. Dwukrotnie, w 1861 i 1862 roku, regularne siły Konfederacji wkroczyły do południowo-wschodniego Kansas. Również konfederackie siły indiańskie pod dowództwem ppłk. Johna Jumpera w maju 1862 roku zorganizowały się w celu zajęcia Fortu Larned w południowo-zachodnim Kansas. Indianie stracili zainteresowanie tym przedsięwzięciem i nigdy nie dotarli do fortu. Głównym zmartwieniem armii była jednak ochrona Kansas przed bandami partyzanckimi, które terroryzowały mieszkańców po obu stronach granicy Kansas z Missouri.
13 marca 1863 roku płk Thomas Ewing, Jr. został awansowany na generała brygady i otrzymał dowództwo nad Dystryktem Granicznym, który obejmował całe Kansas, a także części innych jurysdykcji. Do obowiązków Ewinga należało utrzymanie granicy w bezpiecznym stanie przed atakami partyzanckimi. Aby to osiągnąć, Ewing postanowił rozmieścić posterunki wojskowe wzdłuż granicy Kansas i Missouri, od rzeki Missouri na północy do granicy Terytorium Indyjskiego na południu. Chciał mieć tyle posterunków, aby nie były oddalone od siebie o więcej niż dziesięć mil. Takie nowe posterunki jak Coldwater Grove, Potosi i seria posterunków w Baxter Springs zostały zbudowane.
Do lata 1863 roku zakładano, że ciąg posterunków wzdłuż granicy zakończy partyzanckie ataki w Kansas. Miało jednak miejsce kilka małych najazdów, z których jeden miał miejsce na zachód od Council Grove. Partyzanci wymykali się oddziałom armii, z których wiele było zbyt niedoświadczonych, by pełnić obowiązki patrolowe. Ponadto, siły Unii często dysponowały końmi i bronią gorszej jakości niż ta, którą posiadali partyzanci. Wreszcie, kilku oficerów Unii pod dowództwem Ewinga było wręcz niekompetentnych.
Niemniej jednak panowało fałszywe poczucie bezpieczeństwa. Lawrence, na przykład, uchwalił nawet rozporządzenie zabraniające mieszkańcom posiadania broni palnej w granicach miasta. Cała broń i amunicja miały być zamknięte w miejskiej zbrojowni. Nawet rekruci w dwóch obozach w mieście nie mieli amunicji, a dowódca oddziału w Lawrence musiał trzymać swoją broń w zbrojowni.
To fałszywe poczucie bezpieczeństwa zostało nagle przerwane pewnego gorącego i słonecznego sierpniowego dnia. Po południu 20 sierpnia dowódca partyzantów William C. Quantrill i prawie 450 jego zwolenników wjechało do Kansas i skierowało się do Lawrence. Niespodziewanie kilka osób odkryło ruchy Quantrilla i garnizon w Aubry, na zachód od granicy Missouri, obserwował partyzantów przechodzących w pobliżu ich posterunku. Dowódca posterunku nie zadał sobie nawet trudu, by spróbować zidentyfikować przechodzące siły.
Następnego ranka ludzie Quantrilla przypuścili szturm na bezbronne Lawrence i dopuścili się jednego z najgorszych okrucieństw wojny secesyjnej. Znaczna część Lawrence została splądrowana i spalona. Około 180 mężczyzn i chłopców, praktycznie wszyscy bezbronni, zostało zastrzelonych. Około 6000 żołnierzy Unii oraz milicjantów z Kansas i Missouri próbowało schwytać lub zniszczyć siły partyzanckie, ale praktycznie wszyscy partyzanci uciekli. Wycofujący się partyzanci nawet tymczasowo opanowali posterunek w Paola podczas pośpiesznego odwrotu.
Ewing zareagował wydaniem rozkazów generalnych nr 11, które nakazywały wirtualne wyludnienie dużego obszaru po stronie Missouri. Częścią tego pomysłu było pozbawienie partyzantów bazy operacyjnej. Jednak ataki partyzanckie trwały nadal bez przerwy i wielu niewinnych Missouri zostało ukaranych dekretem Ewinga.
Quantrill zaatakował nawet Fort Blair (Fort Baxter), w dzisiejszym Baxter Springs, 6 października. Chociaż fort udało się utrzymać, zginęło 91 żołnierzy Unii i pracowników armii, a około 25 zostało rannych. Szacuje się, że zginęło od trzech do 30 partyzantów, a co najmniej trzech zostało rannych. Wielu z żołnierzy Unii, którzy zginęli tego dnia, poddało się ludziom Quantrilla, którzy następnie zamordowali ich w kolejnym z najgorszych okrucieństw wojny.
Nawiasem mówiąc, większość posterunków ustanowionych przez Ewinga pozostała, pomimo niepowodzenia w powstrzymaniu najazdów partyzanckich. Stanowiły one pewien czynnik odstraszający. Bez nich prawdopodobnie przeprowadzono by więcej najazdów.
W 1864 roku wzmożone konfrontacje z Indianami spowodowały budowę nowych fortów gminnych i wojskowych. Najwyraźniej w marcu 1864 roku odbyło się wiele rad wśród plemion indiańskich, których tematem były próby utrzymania białych z dala od obszarów zajmowanych przez Indian. Późną wiosną Indianie Plains zaczęli atakować białe osady i podróżników w zachodnich dwóch trzecich Kansas, próbując wyprzeć białych.
Jednym z rezultatów było pojawienie się najazdów w celu zabezpieczenia koni z Fortu Larned i Fortu Ellsworth. Ponadto, ponieważ wszystkie oddziały, które można było oszczędzić, zostały wysłane do walki z Konfederatami, ocynkowane jednostki jankeskie zostały użyte do wzmocnienia niektórych garnizonów. Niektóre forty osadnicze zostały wykorzystane do ochrony społeczności przed atakami Indian. Zbudowano wiele nowych posterunków wojskowych i fortów społecznych, aby chronić tereny przed wrogimi Indianami. Zachodnie dwie trzecie Kansas było oblężone przez następną zimę.
Jesienią 1864 roku gen. dyw. Sterling Price, były gubernator Missouri, został wybrany do poprowadzenia konfederackiej inwazji (Price’s Missouri Raid) mającej na celu zdobycie St. Louis i inwazję na Illinois. Inwazja ta rozpoczęła się 28 sierpnia, kiedy Price wyruszył z 12 000 źle wyposażonych żołnierzy do południowo-zachodniego Arkansas. Spodziewał się, że zdobędzie i utrzyma St. Kiedy stanął tam przed 6,000 żołnierzy Unii, Price zmienił swoje plany. Zamiast tego postanowił odzyskać Missouri dla Konfederacji.
Price był nieustannie konfrontowany przez oddziały federalne lub milicję stanu Missouri i nie był w stanie trwale zająć żadnego obszaru. Jego inwazja zamieniła się w gloryfikowany rajd, ponieważ został odcięty od wsparcia Konfederacji w Arkansas i Teksasie. Louis, władze Kansas zaczęły się niepokoić. Do połowy października Price zbliżał się do Kansas City.
Zagrożenie ze strony Price’a wywołało reakcję, która zmieniła status wielu fortów i posterunków we wschodnim Kansas. Wiele miejscowości wysłało oddziały na spotkanie z Konfederatami. Wiele małych posterunków wojskowych zostało opuszczonych lub zredukowanych do szkieletowych garnizonów, aby jak najwięcej żołnierzy mogło stawić czoła ludziom Price’a. Powstały nowe forty, które miały pomóc w obronie Fortu Leavenworth, Lawrence i Topeki (stolicy stanu) przed Konfederatami.
Zagrożenie dla wschodniego Kansas było bardzo realne. Price skomentował, że chciał zjeść posiłek w Forcie Leavenworth, co wskazywało, że miał nadzieję na zdobycie tego ważnego stanowiska. Price nadal posuwał się na zachód, ale został zdecydowanie pokonany 23 października w bitwie pod Westport. Westport znajdowało się na południowy wschód od Kansas City. Ta klęska zakończyła konfederackie postępy i zmusiła najeźdźców do szybkiego odwrotu w kierunku bezpiecznego terytorium.
Ten odwrót przebiegał wzdłuż granicy Kansas i Missouri, a obecność tak wielu konfederatów zakłóciła linię posterunków ustanowioną przez Ewinga. W drodze na południe wiele posterunków było zagrożonych, a posterunki Armii w Trading Post i Potosi zostały na krótko zajęte przez ludzi Price’a. 25 października Konfederaci zostali ponownie pokonani w bitwie pod Mine Creek. Mine Creek znajdowało się w pobliżu Mound City, miejsca innego głównego posterunku.
W dniu bitwy stary posterunek Fort Lincoln został zniszczony przez Konfederatów. Po zagrożeniu miasta i posterunku Fort Scott, wojska Price’a opuściły ten teren. Kilka z posterunków opuszczonych przez Federałów podczas najazdu Price’a nie zostało ponownie otwartych. Walki pozostawiły wielu rannych po obu stronach i wielu z nich zostało przewiezionych do Mound City i Fort Leavenworth.
Z końcem najazdu Price’a aktywność partyzancka wzdłuż granicy osłabła. Nie zanikła w pełni aż do około roku po kapitulacji gen. Roberta E. Lee w Wirginii w kwietniu 1865 roku. Dopiero wtedy większość posterunków gminnych i wojskowych zamknięto, nie będąc już potrzebnymi.