PeptideProphetTM

PeptideProphetTM automatycznie waliduje przypisania peptydów do widm MS/MS wykonanych przez programy przeszukujące bazy danych, takie jak SEQUEST. Na podstawie każdego zbioru danych, uczy się rozkładów wyników wyszukiwania i właściwości peptydów wśród prawidłowych i nieprawidłowych peptydów, a następnie wykorzystuje te rozkłady do obliczenia dla każdego wyniku prawdopodobieństwa, że jest on prawidłowy. Istotne właściwości peptydów obejmują liczbę terminów zgodnych z rozcięciem enzymatycznym (dla wyszukiwań bez ograniczeń), liczbę pominiętych rozcięć enzymatycznych, różnicę mas w stosunku do jonu prekursora, obecność lekkiej lub ciężkiej cysteiny (dla eksperymentów ICAT) i obecność motywu N-glikozylacji (dla eksperymentów wychwytu N-glikozylacji). PeptideProphet może być użyty jako drugi krok po analizie widm MS/MS wygenerowanych z dowolnego typu spektrometru mas i przypisanych peptydów przy użyciu dowolnej liczby programów przeszukujących bazy danych.

To oprogramowanie zostało opracowane w Institute for Systems Biology w Seattle i jest opisane w Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Typowo, po analizie PeptideProphet następuje ProteinProphet, który grupuje peptydy według odpowiadających im białek, aby obliczyć prawdopodobieństwo, że te białka były obecne w oryginalnej próbce.

PeptideProphet jest jednym z komponentów otwartego potoku analizy LC/MS/MS opracowanego w ISB

Inne komponenty obejmują:

Dlaczego otwarte oprogramowanie?

• Otwarte oprogramowanie daje elastyczność, z którą nie może się równać żadne prawnie zastrzeżone oprogramowanie źródłowe. Można je łatwo dostosować do konkretnych potrzeb użytkownika.
• Otwarte oprogramowanie źródłowe daje pełny wgląd w to, w jaki sposób dane są przetwarzane.
• Otwarte oprogramowanie źródłowe jest prawdopodobnie najbardziej demokratycznym sposobem ustanowienia powszechnie akceptowanego standardu w analizie danych.

Jak mogę pomóc?

Jest wiele sposobów, na które możesz nam pomóc i nie musisz być spektrometrem masowym ani programistą, aby to zrobić.Najprostszym sposobem, aby nam pomóc jest dostarczenie nam informacji zwrotnej na temat naszych narzędzi! Daj nam znać, jeśli coś nie działa, jeśli zmiana w danym narzędziu uczyniłaby je bardziej użytecznym, jeśli jest jakieś użyteczne narzędzie lub funkcja, której brakuje, itp.Jeśli uważasz, że masz kwalifikacje, aby pomóc nam w bardziej szczegółowy sposób, napisz do nas! Chętnie dodamy Twoje nazwisko do sekcji deweloperów 🙂