Rdzeń jest lekką substancją pochodzącą z merystemu naziemnego, która występuje u roślin naczyniowych, w dużej mierze składa się z gąbczastej tkanki parenchyma zmodyfikowanej do przechowywania, która ma bardzo małą wytrzymałość strukturalną i znajduje się w środku łodygi u dwuliściennych i w nie zdrewniałych korzeniach jednoliściennych do wnętrza steli. Jest otoczony pierścieniem ksylemu (tkanka drzewiasta), a na zewnątrz pierścieniem łyka (tkanka korowa). U większości roślin rdzeń jest pełny, ale u niektórych roślin, np. traw i baldaszkowatych, rdzeń ma wydrążony środek, tworząc pustą w środku rurkę, z wyjątkiem miejsc, w których powstają liście, gdzie w poprzek łodygi znajduje się lita płytka. Kilka roślin, np. orzech włoski, ma charakterystyczny komorowy rdzeń z licznymi krótkimi wgłębieniami w rdzeniu.
Rdzeń ma średnicę od około 0,5 mm do 6-8 mm w litym rdzeniu roślin drzewiastych, do 30 mm w soczystej łodydze kaktusów, a nawet 150 mm i więcej w łodygach niektórych roślin z wydrążonym rdzeniem, np. niektórych bambusów. Świeżo wyrośnięty rdzeń w młodych nowych pędach jest zwykle biały lub bladobrązowy, zwykle ciemnieje z wiekiem.
W roślinach drzewiastych (drzewa, krzewy), rdzeń zostaje otoczony kolejnymi rocznymi pierścieniami drewna — może być bardzo niepozorny, ale zawsze jest obecny w centrum pnia lub gałęzi. Porównaj z: Kora

.