Jeśli organ taki jak nerka staje się chory, jedną z opcji jest przeszczepienie nowej nerki, mając nadzieję na wyleczenie pacjenta. W podobny sposób, ale na mniejszą skalę, komórki macierzyste można wykorzystać do zastąpienia nie całego narządu, ale chorych lub umierających komórek w chorych tkankach. Jednak w obu przypadkach komórki odpornościowe pacjenta rozpoznają, że przeszczepione komórki lub tkanki nie należą do pacjenta-biorcy: nie są jego „ja”, a układ odpornościowy zainicjuje reakcję odrzucenia obcych komórek z organizmu, chyba że zostanie to stłumione za pomocą specjalnych leków. W rozpoznaniu „ja” immunologicznego pośredniczy duża liczba genów, które kodują białka antygenów leukocytów ludzkich (HLA), obecnych na wszystkich komórkach ciała. Gdyby udało się wytworzyć komórki macierzyste, które miałyby taki sam kwas dezoksyrybonukleinowy (DNA) jak komórki pacjenta, umożliwiłoby to leczenie za pomocą przeszczepu komórek lub tkanek bez konieczności stosowania supresji immunologicznej ze wszystkimi towarzyszącymi jej efektami ubocznymi, ponieważ przeszczepione komórki byłyby genetycznie identyczne z komórkami pacjenta. Komórki macierzyste, które wyrażają na swojej powierzchni białka HLA identyczne z tymi wyrażonymi przez pacjenta, byłyby teoretycznie rozpoznawane przez układ odpornościowy pacjenta jako „własne” i dlatego nie byłyby odrzucane.

.