W 1920 roku, Cesarska Sesja Shriners odbyła się w Portland, Oregon. Podczas tej sesji członkowie jednogłośnie przyjęli uchwałę przedstawioną przez W. Freelanda Kendricka, który (podczas pełnienia funkcji Potentata Cesarskiego) przedstawił uchwałę, na mocy której powstały Szpitale Shriners dla Dzieci. Pierwszy szpital tego systemu został otwarty w 1922 roku w Shreveport, w stanie Luizjana. Zapewniał on pediatryczną opiekę ortopedyczną.
Shriners Hospitals for Children ściśle współpracował z Dowództwem Południowym Stanów Zjednoczonych i innymi dowództwami wojskowymi, w tym Armią i Siłami Powietrznymi, gwatemalskimi połączonymi siłami zbrojnymi oraz za pośrednictwem ambasady Stanów Zjednoczonych, Departamentu Zdrowia Stanów Zjednoczonych i Departamentu Stanu Stanów Zjednoczonych.W 1962 roku Shriners of North America przeznaczyli 10 milionów dolarów na założenie trzech szpitali, które specjalizowały się w leczeniu i rehabilitacji poparzonych dzieci. Po odwiedzeniu 21 uniwersyteckich instytucji medycznych, podjęto decyzję o budowie pierwszego pediatrycznego szpitala leczenia oparzeń na kampusie University of Texas Medical Branch w Galveston w Teksasie.
W 1994 roku, Chronicle of Philanthropy, publikacja branżowa, opublikowała wyniki największego badania popularności i wiarygodności organizacji charytatywnych i non-profit. Badanie wykazało, że Szpitale Shriners były w rankingu jako 9 „najbardziej popularnych organizacji charytatywnych / non-profit w Ameryce” z ponad 100 organizacji charytatywnych badanych z 40% Amerykanów w wieku powyżej 12 lat wybierając „Love” i „Like A Lot” dla Shriners Hospitals.
We wrześniu 2008 roku, Szpital Shrinera w Galveston poniósł znaczne szkody z huraganu Ike. Szpital został zamknięty do remontu w tym czasie, a opieka dla dzieci z ostrymi oparzeniami została dostarczona w innych Shriners Hospitals for Children. Shriners rozważał zamknięcie placówek w Shreveport, Luizjana; Greenville, Karolina Południowa; Erie, Pensylwania; Spokane, Washington; Springfield, Massachusetts i Galveston, Texas, eliminując łącznie 225 łóżek. Jednak w lipcu 2009 roku, Shriners National Convention głosował przytłaczającą przeciwko zamknięciu jakichkolwiek szpitali i do naprawy i ponownego otwarcia obiektu Galveston.
W 2009 roku, pomimo dotacji, która spadła z 8 miliardów dolarów do 5 miliardów dolarów w mniej niż rok z powodu złej gospodarki, Douglas Maxwell, dyrektor generalny szpitali powiedział, że on i inni Shriners są przekonani, że system szpitalny będzie w stanie utrzymać wypłacalność w dłuższej perspektywie. Maxwell stwierdził w lipcu 2009 roku, że niektóre z placówek mogą stać się ambulatoryjnymi centrami chirurgicznymi i zaczną przyjmować płatności z ubezpieczenia (za większość opieki) po raz pierwszy w 87-letniej historii szpitali. Maxwell powiedział, że dzieci cierpiące na oparzenia, schorzenia ortopedyczne, urazy rdzenia kręgowego i rozszczep podniebienia będą nadal leczone bez opłat dla ich rodzin.
W maju 2015 roku Shriners Hospitals for Children został członkiem Mayo Clinic Care Network, krajowej sieci organizacji zaangażowanych w lepszą obsługę pacjentów i ich rodzin poprzez współpracę lekarzy.
.