La microscopía electrónica se utiliza ampliamente en virología porque los virus son generalmente demasiado pequeños para una inspección directa por microscopía de luz. El análisis de la morfología del virus es necesario en muchas circunstancias, por ejemplo, para el diagnóstico de un virus en situaciones clínicas concretas o el análisis de la entrada y el ensamblaje del virus. Además, el control de calidad de la integridad de las partículas del virus es necesario si un virus se propaga en un cultivo celular, especialmente si el genoma del virus ha cambiado.

En la mayoría de los casos, la metodología básica de la microscopía electrónica de transmisión, es decir, la tinción negativa y el seccionamiento ultrafino, es suficiente para dar información relevante sobre la ultraestructura del virus. Este capítulo ofrece información detallada sobre los principios de estas metodologías básicas y proporciona protocolos sencillos pero fiables para un comienzo rápido. Además, la descripción de los protocolos estándar para la tinción negativa y el seccionamiento ultrafino se complementa con protocolos sobre tinción inmunonegativa y seccionamiento ultrafino rápido. Por último, se revisan brevemente los principios de los métodos para una investigación ultraestructural ampliada utilizando técnicas más elaboradas, como las criotécnicas o los métodos para revelar la arquitectura tridimensional del virus.