Az elektronmikroszkópiát széles körben használják a virológiában, mivel a vírusok általában túl kicsik ahhoz, hogy fénymikroszkópiával közvetlenül vizsgálni lehessen őket. A vírus morfológiájának elemzése sok esetben szükséges, például egy vírus diagnosztizálásához bizonyos klinikai helyzetekben, vagy a vírus bejutásának és összeszerelődésének elemzéséhez. Ezenkívül a vírusrészecskék integritásának minőségi ellenőrzésére van szükség, ha egy vírust sejtkultúrában szaporítanak, különösen, ha a vírus genomja megváltozott.

A legtöbb esetben már a transzmissziós elektronmikroszkópia alapvető módszertana, azaz a negatív festés és az ultravékony metszés is elegendő ahhoz, hogy releváns információt kapjunk a vírus ultrastruktúrájáról. Ez a fejezet részletes tájékoztatást ad ezen alapmódszerek alapelveiről, és egyszerű, de megbízható protokollokat nyújt a gyors kezdéshez. Ezenkívül a negatív festés és az ultravékony metszés standard protokolljainak leírását kiegészítik az immun-negatív festés és a gyors ultravékony metszés protokolljai. Végül röviden áttekintésre kerülnek a bonyolultabb technikákat, például kriotechnikai technikákat vagy a háromdimenziós vírusarchitektúra feltárására szolgáló módszereket alkalmazó, kiterjesztett ultrastrukturális kutatások alapelvei.