La microscopie électronique est largement utilisée en virologie car les virus sont généralement trop petits pour une inspection directe par microscopie optique. L’analyse de la morphologie des virus est nécessaire dans de nombreuses circonstances, par exemple pour le diagnostic d’un virus dans des situations cliniques particulières ou l’analyse de l’entrée et de l’assemblage des virus. De plus, le contrôle de la qualité de l’intégrité des particules virales est nécessaire si un virus est propagé en culture cellulaire, en particulier si le génome du virus a changé.

Dans la plupart des cas, la méthodologie de base de la microscopie électronique à transmission, c’est-à-dire la coloration négative et la coupe ultra-fine, est suffisante pour donner des informations pertinentes sur l’ultrastructure des virus. Ce chapitre donne des informations détaillées sur les principes de ces méthodologies de base et fournit des protocoles simples mais fiables pour un démarrage rapide. En outre, la description des protocoles standard pour la coloration négative et la coupe ultrafine est complétée par des protocoles sur la coloration immuno-négative et la coupe ultrafine rapide. Enfin, les principes des méthodes pour une recherche ultrastructurale étendue utilisant des techniques plus élaborées, telles que les cryotechniques ou les méthodes pour révéler l’architecture tridimensionnelle du virus, sont brièvement passés en revue.