Työura
Varhaiset työt, 1982-1990
Banderas aloitti työt pienissä kaupoissa Espanjan diktatuurin jälkeisen kulttuuriliikkeen La Movida Madrileña aikana. Teatterissa esiintyessään Banderas kiinnitti espanjalaisen ohjaajan Pedro Almodóvarin huomion, joka valitsi nuoren näyttelijän vuoden 1982 elokuvadebyytissään Intohimon labyrintti. Viisi vuotta myöhemmin hän esiintyi ohjaajan Law of Desire -elokuvassa ja nousi otsikoihin näyttelemällä homomiestä, jonka vuoksi hän joutui antamaan ensimmäisen miespuolisen suudelman valkokankaalla. Kun Banderas oli esiintynyt Almodóvarin elokuvassa Matador vuonna 1986, ohjaaja valitsi hänet vuoden 1988 kansainvälisesti arvostettuun elokuvaansa Naiset hermoromahduksen partaalla. Banderasin roolistaan saama tunnustus kasvoi kaksi vuotta myöhemmin, kun hän näytteli Almodóvarin kiistanalaisessa Tie Me Up! Tie Me Down! -elokuvassa mielenterveyspotilaana, joka sieppaa pornotähden (Victoria Abril) ja pitää tätä sidottuna, kunnes tämä palauttaa hänen rakkautensa. Se oli hänen läpimurtoroolinsa Tie Me Up! Tie Me Down!, joka auttoi häntä nousemaan Hollywoodiin. Almodóvarin katsotaan auttaneen Banderasin kansainvälisen uran käynnistämisessä, sillä hänestä tuli vakiokasvo hänen elokuvissaan koko 1980-luvun ajan.
Murros, 1991-1994
Vuonna 1991 Madonna esitteli Banderasin Hollywoodille. Seuraavana vuonna hän, joka puhui vielä minimaalisesti englantia, alkoi näytellä yhdysvaltalaisissa elokuvissa. Vaikka Banderas joutui opettelemaan kaikki repliikkinsä foneettisesti, hän onnistui silti tekemään kriitikoiden ylistämän suorituksen kamppailevana muusikkona ensimmäisessä amerikkalaisessa draamaelokuvassaan The Mambo Kings (Mambo Kings, 1992).
Banderas teki sitten läpimurtonsa amerikkalaiselle valtavirtayleisölle elokuvassa Philadelphia (Philadelphia, 1993) aidsia sairastavan lakimiehen Andrew Beckettin (Tom Hanks) rakastajana. Elokuvan menestys toi Banderasille laajaa tunnustusta, ja seuraavana vuonna hän sai roolin Neil Jordanin korkeatasoisessa adaptaatiossa Anne Ricen Vampyyrin haastattelu -kirjasta, jossa hän jakoi valkokankaan Brad Pittin kanssa.
Yleismaailmallinen tunnettuus, 1995-nykyhetki
Hän esiintyi useissa suurissa Hollywood-julkaisuissa vuonna 1995, muun muassa pääroolissa Robert Rodriguezin ohjaamassa Robert Rodriguezin elokuvassa Desperado (Desperado on epätoivoinen) ja vastapuolena toimintaelokuvassa Salamurhaaja (Assassiinit), jota hän tähditti yhdessä Sylvester Stallonen kanssa. Vuonna 1996 hän näytteli Madonnan rinnalla Andrew Lloyd Webberin ja Tim Ricen musikaalin sovituksessa Evita, jossa hän esitti kertojaa Cheä, jonka roolin David Essex esitti alkuperäisessä West Endin tuotannossa vuonna 1978. Hän menestyi myös roolistaan legendaarisena naamioituneena miekkamiehenä Zorrona elokuvassa The Mask of Zorro (Zorron naamio) vuonna 1998. Vuonna 1999 hän näytteli elokuvassa The 13th Warrior (13. soturi), joka kertoo muslimista, joka joutuu sotaan pohjoismiesten ja ihmissyöjäpetojen väliseen sotaan.
Vuonna 2001 hän teki yhteistyötä Robert Rodriguezin kanssa, joka valitsi hänet Spy Kids -elokuvatrilogiaan. Hän näytteli samana vuonna myös Michael Cristoferin elokuvassa Original Sin Angelina Jolien rinnalla. Vuonna 2002 hän näytteli Brian De Palman elokuvassa Femme Fatale vastapäätä Rebecca Romijnia ja Julie Taymorin elokuvassa Frida Salma Hayekin kanssa. Vuonna 2003 hän näytteli trilogian viimeisessä osassa Once Upon A Time In Mexico (jossa hän esiintyi Johnny Deppin ja Hayekin kanssa). Banderasin debyytti ohjaajana oli huonosti vastaanotettu Crazy in Alabama (1999), jonka pääosassa oli hänen silloinen vaimonsa Melanie Griffith.
Vuonna 2003 hän palasi musikaalin pariin esiintymällä suuren suosion kera Maury Yestonin elokuvaan 8½ perustuvan musikaalin Nine Broadwayn uusintaesityksessä, jossa hän esitti pääroolin, jonka oli saanut alkunsa Raúl Juliá. Banderas voitti sekä Outer Critics Circle- että Drama Desk -palkinnot ja oli ehdolla Tony-palkinnon saajaksi parhaasta musikaalinäyttelijästä. Hänen esityksensä on säilynyt PS Classicsin julkaisemalla Broadway cast -tallenteella. Myöhemmin samana vuonna hän sai Hispanic Organization of Latin Actors (HOLA) -järjestön Rita Moreno HOLA Award for Excellence -palkinnon.
Banderasin äänirooli ”Saapasjalkakissana” Shrek 2:ssa, Shrek kolmannessa ja Shrek-franchisingin viimeisessä elokuvassa Shrek Forever After auttoi tekemään hahmosta suositun perhe-elokuvien piirissä. Vuonna 2005 hän esitti uudelleen Zorron roolinsa elokuvassa The Legend of Zorro, joka ei kuitenkaan ollut yhtä menestyksekäs kuin The Mask of Zorro. Vuonna 2006 hän näytteli Take the Lead -elokuvassa, jossa hän esitti tanssinopettajaa. Samana vuonna hän ohjasi toisen elokuvansa El camino de los ingleses, ja sai myös L.A. Latino International Film Festivalin ”Gabi”-elämäntyöpalkinnon 14. lokakuuta.
Hän sai tähden Hollywood Walk of Fame -kävelykadulle osoitteessa 6801 Hollywood Blvd. vuonna 2005.
Vuonna 2011 kauhutrilleri Iho, jossa elän merkitsi Banderasin paluuta espanjalaisen Pedro Almodóvarin kanssa, joka käynnisti hänen kansainvälisen uransa. Kaksikko ei ollut työskennellyt yhdessä sitten vuoden 1990 (Tie Me Up! Tie Me Down!). The Skin I Live In -elokuvassa hän irtautuu Hollywood-työskentelystään tutusta ”latinorakkaan” muotista ja näyttelee tyttärensä raiskauksen jälkeen laskelmoivaa ja kostonhimoista plastiikkakirurgia. Associated Pressin mukaan Banderasin esitys on yksi hänen vahvimmista viime aikoina. Hän lainasi jälleen äänensä, tällä kertaa päähenkilönä Shrek-spin-off-esikuvassa Kisu saappaissa. Tämä elokuva yhdisti Banderasin ja Salma Hayekin jo kuudetta kertaa.