Electronenmicroscopie wordt veel gebruikt in de virologie omdat virussen over het algemeen te klein zijn voor een directe inspectie met lichtmicroscopie. Analyse van de virusmorfologie is in vele omstandigheden noodzakelijk, b.v. voor de diagnose van een virus in bepaalde klinische situaties of de analyse van virusingang en -assemblage. Bovendien is kwaliteitscontrole van de integriteit van virusdeeltjes vereist als een virus in celkweek wordt vermeerderd, vooral als het virusgenoom is veranderd.

In de meeste gevallen is de basismethodologie voor transmissie-elektronenmicroscopie, d.w.z. negatieve kleuring en ultradunne doorsnede, al voldoende om relevante informatie over de ultrastructuur van het virus te verkrijgen. Dit hoofdstuk geeft gedetailleerde informatie over de principes van deze basismethodologieën en biedt eenvoudige maar betrouwbare protocollen voor een snelle start. Bovendien wordt de beschrijving van standaardprotocollen voor negatieve kleuring en ultradunne coupes aangevuld met protocollen voor immuno-negatieve kleuring en snelle ultradunne coupes. Tenslotte worden de principes van methoden voor een uitgebreid ultrastructureel onderzoek met behulp van uitgebreidere technieken, zoals cryotechnieken of methoden om de driedimensionale virusarchitectuur zichtbaar te maken, kort besproken.