Microscopia Electrónica é amplamente utilizada em virologia porque os vírus são geralmente demasiado pequenos para uma inspecção directa por microscopia ligeira. A análise da morfologia do vírus é necessária em muitas circunstâncias, por exemplo, para o diagnóstico de um vírus em situações clínicas particulares ou para a análise da entrada e montagem do vírus. Além disso, o controle de qualidade da integridade das partículas de vírus é necessário se um vírus for propagado em cultura celular, particularmente se o genoma do vírus mudou.

Na maioria dos casos já a metodologia básica para microscopia eletrônica de transmissão, ou seja, coloração negativa e seção ultrassonográfica, é suficiente para dar informações relevantes sobre a ultraestrutura do vírus. Este capítulo fornece informações detalhadas sobre os princípios destas metodologias básicas e fornece protocolos simples mas confiáveis para um início rápido. Além disso, a descrição dos protocolos padrão para coloração negativa e secção de ultra-sons é complementada por protocolos sobre coloração imuno-negativa e secção rápida de ultra-sons. Finalmente, os princípios dos métodos para uma pesquisa ultra-estrutural estendida usando técnicas mais elaboradas, como criotequniques ou métodos para revelar a arquitetura tridimensional do vírus, são brevemente revistos.