Die Fruchtfolge besteht aus der Organisation der Abfolge der Kulturen auf einem bestimmten Feld. Die Fruchtfolge ist in einem regelmäßigen Zyklus organisiert, der mehr oder weniger lang sein kann. Sie wird zweijährig genannt, wenn zwei Arten von einem Jahr auf das nächste angebaut werden, dreijährig bei drei Arten usw. Aus agrarökologischer Sicht wird davon ausgegangen, dass eine Fruchtfolge in Bezug auf die angebauten Pflanzenfamilien diversifiziert sein muss.

Bei einer diversifizierten Fruchtfolge haben es Schädlinge und Krankheitserreger schwerer, ihre Wirtsarten zu finden (1). Außerdem wird der Entwicklungszyklus der Unkräuter durch die unterschiedlichen Wachstumsperioden der Pflanzen unterbrochen. Schließlich ermöglicht eine diversifizierte Fruchtfolge im Vergleich zu einer Monokultur, die Verarmung des Bodens zu begrenzen. Das Vorhandensein von Leguminosen in der Fruchtfolge führt dem Boden Stickstoff zu (2). Die verschiedenen Arten von Ernterückständen verbessern die Struktur und das Leben des Bodens und fördern die Rückgewinnung der für die Pflanzen notwendigen Nährstoffe. Die Komplementarität zwischen den Wurzelsystemen der verschiedenen Kulturen wirkt sich ebenfalls positiv auf die Bodenstruktur aus (3). Die Fruchtfolge bietet also drei Arten von Vorteilen für den Boden: biologische (1), chemische (2) und physikalische (3).

Um den Einsatz chemischer Mittel zu verringern, wird die Umsetzung langfristiger und diversifizierter Fruchtfolgen durch Zwischenfrüchte, den Anbau von Leguminosen, Untersaaten usw. gefördert. Die Dauer der Fruchtfolge und die gewählten Arten hängen stark vom jeweiligen Kontext ab. Die Einrichtung einer Fruchtfolge erfordert daher technisches Wissen und hohe Kompetenz. Die Vorteile einer Fruchtfolge sind langfristig zu beobachten (5 bis 10 Jahre), hängen aber wiederum vom Kontext ab (wirtschaftlich, geografisch, klimatisch…).