Die Elektronenmikroskopie ist in der Virologie weit verbreitet, da Viren im Allgemeinen zu klein für eine direkte Untersuchung mit dem Lichtmikroskop sind. Die Analyse der Virusmorphologie ist in vielen Fällen notwendig, z. B. für die Diagnose eines Virus in bestimmten klinischen Situationen oder für die Analyse des Eintritts und des Zusammenbaus von Viren. Darüber hinaus ist eine Qualitätskontrolle der Viruspartikelintegrität erforderlich, wenn ein Virus in Zellkultur vermehrt wird, insbesondere wenn sich das Virusgenom verändert hat.

In den meisten Fällen reicht bereits die grundlegende Methodik der Transmissionselektronenmikroskopie, d.h. Negativfärbung und ultradünne Schnitte, aus, um relevante Informationen über die Ultrastruktur des Virus zu erhalten. Dieses Kapitel enthält detaillierte Informationen über die Grundsätze dieser grundlegenden Methoden und bietet einfache, aber zuverlässige Protokolle für einen schnellen Einstieg. Darüber hinaus wird die Beschreibung von Standardprotokollen für Negativfärbung und Ultradünnschnitt durch Protokolle zur immunnegativen Färbung und zum schnellen Ultradünnschnitt ergänzt. Schließlich werden die Prinzipien von Methoden für eine erweiterte ultrastrukturelle Forschung mit aufwändigeren Techniken, wie Kryotechniken oder Methoden zur Darstellung der dreidimensionalen Virusarchitektur, kurz besprochen.