Microscopia electronică este utilizată pe scară largă în virusologie deoarece virusurile sunt, în general, prea mici pentru o inspecție directă prin microscopie luminoasă. Analiza morfologiei virusurilor este necesară în multe circumstanțe, de exemplu, pentru diagnosticarea unui virus în anumite situații clinice sau pentru analiza intrării și asamblării virusurilor. Mai mult, controlul calității integrității particulelor de virus este necesar dacă un virus este propagat în culturi celulare, în special dacă genomul virusului s-a modificat.

În cele mai multe cazuri, deja metodologia de bază pentru microscopia electronică de transmisie, adică colorarea negativă și secționarea ultrasubțire, este suficientă pentru a oferi informații relevante despre ultrastructura virusului. Acest capitol oferă informații detaliate despre principiile acestor metodologii de bază și furnizează protocoale simple, dar fiabile, pentru un început rapid. În plus, descrierea protocoalelor standard pentru colorarea negativă și secționarea ultrafină este completată de protocoale privind colorarea imuno-negativă și secționarea ultrafină rapidă. În cele din urmă, sunt trecute în revistă pe scurt principiile metodelor pentru o cercetare ultrastructurală extinsă, folosind tehnici mai elaborate, cum ar fi criotehnicele sau metodele de dezvăluire a arhitecturii tridimensionale a virusurilor.

.