Pedro el Grande estaba decidido a reformar la estructura interna de Rusia. Tenía el simple deseo de empujar a Rusia -de forma voluntaria o no- hacia la era moderna que existía entonces. Al mismo tiempo que sus reformas militares, reformó la iglesia, la educación y áreas de la economía rusa.
Uno de los bastiones a cambiar desde el punto de vista de Pedro fue la Iglesia. En años anteriores había sido semiautónoma. Para alguien que creía en el absolutismo real esto era inaceptable. La subordinación de la iglesia dentro de Rusia se completó sin problema.
Había otras razones para explicar el interés de Pedro por la Iglesia.
Era una institución muy rica y Pedro quería esta riqueza
Se negaba a ser modernizada
Poseía grandes cantidades de tierra y siervos y, como tal, podía ser vista como un rival del zar.
En 1700, el jefe de la iglesia, el Patriarca Adrián, murió. Pedro no le sustituyó. En 1701, el control de la propiedad de la iglesia fue entregado a un departamento gubernamental llamado Monastyrskii Prikaz. Este recibía los ingresos monásticos y pagaba a los monjes un salario. El simple hecho de ser un departamento gubernamental significaba que estaba subordinado a la voluntad de Pedro. En 1721, la jerarquía eclesiástica fue oficialmente abolida por la Reserva Eclesiástica y la iglesia pasó a estar bajo el control del Santo Sínodo y quedó totalmente vinculada al Estado. El Reglamento de 1721 establecía específicamente lo que podía hacer el clero; en esencia, estaba destinado a controlar su vida cotidiana para que se convirtiera en un aparato del Estado. La tarea del clero se consideraba doble: trabajar para el Estado y hacer que sus congregaciones fueran totalmente sumisas al Estado convenciéndolas de que Pedro era todo un Dios para asegurar la total subordinación de la población de Rusia a la corona.
La educación también tenía que modernizarse si Rusia quería sobrevivir como potencia en Europa. Pedro quería un ejército y una marina modernos que fueran temidos en toda Europa. Los oficiales del ejército tenían que ser educados o esto nunca se lograría. En sus viajes de juventud, Pedro había visto la importancia del conocimiento de la ciencia y las matemáticas para el éxito militar. El uso correcto de la artillería requería un conocimiento de los ángulos; la construcción de fortificaciones requería un conocimiento de la ingeniería. Los oficiales navales necesitaban saber navegar.
En 1701, se fundó en Moscú la Escuela de Navegación y Matemáticas. Estaba dirigida por profesores británicos. Ese mismo año se crearon escuelas similares para artillería e idiomas. En 1707 se creó una Escuela de Medicina y en 1712 una Escuela de Ingeniería. Se crearon treinta escuelas de matemáticas en las provincias y en 1724, un año antes de la muerte de Pedro, se estableció una Escuela de Ciencias, aunque la falta de científicos en Rusia hizo que tuviera que ser atendida inicialmente por extranjeros.
Para el público educado, se estableció en 1703 un periódico llamado «Vedomosti». Era publicado por el Estado. Pedro creía que los líderes militares debían ser educados, pero que un público leal también debía serlo si Rusia quería sacudirse su reputación de estar impregnada de medievalismo.
Se animó a muchos jóvenes nobles a hacer lo que Pedro había hecho: ir a Europa occidental y experimentar cómo era y también aprender. A los jóvenes nobles rusos se les animaba a conocer las últimas tecnologías, la teoría económica y la ciencia política. Pedro no consideraba que la ampliación de conocimientos fuera una amenaza; al contrario, creía que estos jóvenes nobles educados eran muy beneficiosos para el desarrollo de Rusia.
Pedro también esperaba que los jóvenes y educados abandonaran las tradiciones rusas y adoptaran lo que él consideraba valores occidentales. Se afeitaron las barbas; se fomentó la ropa occidental; se esperaba que la nobleza celebrara fiestas de té y reuniones sociales al estilo occidental.
Pedro también era consciente de que la economía interna de Rusia necesitaba una reforma. Sus viajes al extranjero habían convencido a Pedro de que Rusia estaba demasiado atrasada. Como zar quería aplicar el mercantilismo occidental para estimular la agricultura, la industria y el comercio. Una Rusia más rica sólo podía beneficiar a la posición del zar, ya que podía recaudar más impuestos e invertirlos en el ejército. Un ejército más reforzado aumentaría aún más su poder. De hecho, Pedro consiguió menos de lo que le hubiera gustado, pero dio el pistoletazo de salida al crecimiento económico de Rusia que se produjo en el siglo XVIII.
El Estado dominaba todas las formas de la industria. El Estado era la fuente de capital, materias primas y mano de obra. El Estado era también el principal comprador de productos acabados. En 1718 se crearon dos colegios para el comercio y las minas y manufacturas. Bajo la dirección del Estado, se desarrollaron fábricas de todo tipo. Los precios eran fijados por el Estado y éste tenía derecho a ser el primer comprador de los productores, pero a un precio fijado por el Estado. Las empresas privadas sólo podían obtener beneficios de los excedentes de productos que el Estado no quería y muchas empresas exitosas fueron simplemente absorbidas por el Estado.
Poco se logró en la agricultura que simplemente siguió siendo medieval. La actitud supersticiosa y conservadora de los agricultores y la gran extensión del país hicieron que los funcionarios del gobierno tuvieran grandes dificultades para llegar a las zonas rurales e imponer la voluntad del zar a los que vivían allí. La supremacía del señor local sobre su pueblo estaba profundamente arraigada. El Estado hizo lo que pudo para animar a los agricultores a utilizar equipos modernos, como gradas y arados, pero de poco sirvió. La mano de obra humana que realizaba la mayor parte del trabajo continuó en el siglo XIX y fue un problema que Stalin trató de resolver en la década de 1930. Para que alguien reformara con éxito la agricultura en la década de 1720, el problema resultó ser demasiado grande.