Peter den Store var fast besluttet på at reformere Ruslands indenrigsstruktur. Han havde et simpelt ønske om at skubbe Rusland – frivilligt eller ufrivilligt – ind i den moderne tidsalder, som den eksisterede dengang. Mens hans militære reformer var i gang, reformerede han kirken, uddannelsen og områder af Ruslands økonomi.
En af de bastioner, der skulle ændres ud fra Peters synspunkt, var kirken. I forgangne år havde den været halvautonom. For en person, der troede på kongelig enevælde, var dette uacceptabelt. Kirkens underordning i Rusland blev gennemført uden problemer.
Der var andre grunde til at forklare Peters interesse for kirken.
Den var en meget rig institution, og Peter ville have denne rigdom
Den nægtede at blive moderniseret
Den ejede store mængder jord og livegne og kunne som sådan ses som en rival til zaren.
I 1700 døde kirkens overhoved, patriach Adrian. Peter erstattede ham ikke. I 1701 blev kontrollen med kirkens ejendom overdraget til en regeringsafdeling kaldet Monastyrskii Prikaz. Denne modtog klosterindtægter og betalte munke en løn. Den simple kendsgerning, at det var en regeringsafdeling, betød, at den var underlagt Peters vilje. I 1721 blev det kirkelige hierarki officielt afskaffet ved det kirkelige forbehold, og kirken blev underlagt den hellige synodes kontrol og blev fuldt ud knyttet til staten. Forordningen fra 1721 angav specifikt, hvad præsterne kunne gøre; i det væsentlige var den designet til at kontrollere deres daglige liv, så de blev et apparat for staten. Præstens opgave blev set som todelt: at arbejde for staten og at gøre deres menigheder totalt underdanige for staten ved at overbevise dem om, at Peter var alt andet end gudslignende for at sikre den russiske befolknings totale underordning under kronen.
Uddannelsen måtte også moderniseres, hvis Rusland skulle overleve som en magt i Europa. Peter ønskede en moderne hær og flåde, som ville blive frygtet i hele Europa. Officererne i militæret måtte uddannes, ellers ville dette aldrig blive opnået. Under sine rejser som ung havde Peter set betydningen af viden om videnskab og matematik for militær succes. Korrekt brug af artilleri krævede viden om vinkler, og opførelsen af befæstninger krævede viden om ingeniørvidenskab. Søofficerer havde brug for at vide, hvordan man navigerede.
I 1701 blev skolen for navigation og matematik grundlagt i Moskva. Den blev ledet af britiske lærere. Samme år blev der oprettet lignende skoler for artilleri og sprog. I 1707 blev der oprettet en skole for medicin og i 1712 en skole for ingeniørvidenskab. Der blev oprettet 30 matematiskoler i provinserne, og i 1724, et år før Peters død, blev der oprettet en videnskabsskole, selv om manglen på videnskabsmænd i Rusland betød, at den i begyndelsen måtte bemandes af udlændinge.
For den uddannede offentlighed blev der i 1703 oprettet en avis kaldet “Vedomosti”. Den blev udgivet af staten. Peter mente, at militære ledere skulle være uddannede, men at en loyal offentlighed også skulle være det, hvis Rusland skulle ryste sit ry af sig som værende gennemsyret af middelalderlighed.
Mange unge adelsmænd blev opfordret til at gøre som Peter havde gjort – tage til Vesteuropa og opleve, hvordan det var, og også lære. Unge russiske adelsmænd blev opfordret til at lære om den nyeste teknologi, økonomisk teori og politisk videnskab. En udvidelse af viden blev ikke set som en trussel af Peter; tværtimod mente han, at disse unge uddannede adelsmænd var til stor gavn for Ruslands udvikling.
Peter forventede også, at de unge og uddannede undgik russiske traditioner og overtog, hvad han anså for at være vestlige værdier. Skæg blev barberet af; vestligt tøj blev opmuntret; adelen forventedes at holde teselskaber og sociale sammenkomster i vestlig stil.
Peter var også klar over, at Ruslands interne økonomi skulle reformeres. Hans rejser i udlandet havde overbevist Peter om, at Rusland var for tilbagestående. Som zar ønskede han at anvende vestlig merkantilisme for at stimulere landbrug, industri og handel. Et rigere Rusland kunne kun gavne zarens stilling, da der kunne opkræves flere skatter og investeres i militæret. Et yderligere styrket militær ville yderligere øge hans magt. I virkeligheden opnåede Peter mindre, end han gerne ville have villet, men han satte gang i den økonomiske vækst i Rusland, som man oplevede i det attende århundrede.
Staten dominerede alle former for industri. Staten var kilden til kapital, råstoffer og arbejdskraft. Staten var også den vigtigste aftager af færdigvarer. I 1718 blev der oprettet to kollegier for handel og miner og fremstilling. Under statens ledelse blev der udviklet fabrikker af alle typer. Priserne blev fastsat af staten, og staten havde ret til at være den første køber hos producenterne – men til en pris fastsat af staten. Private virksomheder kunne kun få overskud på det overskud af produkter, som staten ikke ville have, og mange succesfulde virksomheder blev simpelthen overtaget af staten.
Der blev ikke opnået meget inden for landbruget, som simpelthen forblev middelalderligt. Den overtroiske og konservative holdning hos dem, der arbejdede i landbruget, og selve landets størrelse betød, at regeringens embedsmænd havde store vanskeligheder med at komme ud i landområderne og påtvinge zarens vilje over for dem, der boede der. Den lokale herres overherredømme over sit folk var dybt rodfæstet. Staten gjorde, hvad den kunne, for at tilskynde landmændene til at bruge moderne udstyr som harver og plove, men det var ikke til megen nytte. Den menneskelige arbejdskraft, der stod for størstedelen af arbejdet, fortsatte ind i det nittende århundrede og var et problem, som Stalin forsøgte at løse i 1930’erne. For at nogen kunne reformere landbruget med succes i 1720’erne, viste problemet sig at være for stort.