Elektronmikroskopi används i stor utsträckning inom virologi eftersom virus i allmänhet är för små för att inspekteras direkt med ljusmikroskopi. Analys av virusmorfologi är nödvändig under många omständigheter, t.ex. för att diagnostisera ett virus i särskilda kliniska situationer eller för att analysera virusets inträde och sammansättning. Dessutom krävs kvalitetskontroll av viruspartiklarnas integritet om ett virus förökas i cellkultur, särskilt om virusgenomet har förändrats.

I de flesta fall är redan den grundläggande metodiken för transmissionselektronmikroskopi, dvs. negativ färgning och ultratunn sektionering, tillräcklig för att ge relevant information om virusets ultrastruktur. Detta kapitel ger detaljerad information om principerna för dessa grundläggande metoder och tillhandahåller enkla men tillförlitliga protokoll för en snabbstart. Dessutom kompletteras beskrivningen av standardprotokoll för negativ färgning och ultratunn sektionering med protokoll för immun-negativ färgning och snabb ultratunn sektionering. Slutligen görs en kort genomgång av principerna för metoder för en utökad ultrastrukturell forskning med hjälp av mer avancerade tekniker, t.ex. kryoteknik eller metoder för att avslöja den tredimensionella virusarkitekturen.