Peter der Große war entschlossen, die innere Struktur Russlands zu reformieren. Er hatte den einfachen Wunsch, Russland – ob er wollte oder nicht – in die damalige Moderne zu führen. Parallel zu seinen militärischen Reformen reformierte er die Kirche, das Bildungswesen und Bereiche der russischen Wirtschaft.
Eine der Bastionen, die sich aus Peters Sicht verändern sollte, war die Kirche. In früheren Jahren war sie halbautonom gewesen. Für jemanden, der an den königlichen Absolutismus glaubte, war dies inakzeptabel. Die Unterordnung der Kirche innerhalb Russlands wurde ohne Probleme vollzogen.
Es gab noch andere Gründe, die Peters Interesse an der Kirche erklären.
Sie war eine sehr reiche Institution und Peter wollte diesen Reichtum
Sie weigerte sich, modernisiert zu werden
Sie besaß große Mengen an Land und Leibeigenen und konnte als solche als Rivale des Zaren angesehen werden.
Im Jahr 1700 starb das Oberhaupt der Kirche, Patriarch Adrian. Peter trat nicht an seine Stelle. 1701 wurde die Kontrolle über das Kircheneigentum an eine staatliche Behörde namens Monastyrskii Prikaz übergeben. Diese erhielt die Einnahmen der Klöster und zahlte den Mönchen ein Gehalt. Allein die Tatsache, dass es sich um ein staatliches Amt handelte, bedeutete, dass es dem Willen Petri untergeordnet war. Im Jahr 1721 wurde die kirchliche Hierarchie durch die kirchliche Reservation offiziell abgeschafft, und die Kirche wurde der Kontrolle des Heiligen Synods unterstellt und vollständig an den Staat gebunden. In der Verordnung von 1721 wurde ausdrücklich festgelegt, was der Klerus tun durfte; im Wesentlichen sollte er sein tägliches Leben kontrollieren, so dass er zu einem Staatsapparat wurde. Die Aufgabe des Klerus wurde als zweifach angesehen: für den Staat zu arbeiten und ihre Gemeinden dem Staat völlig untertan zu machen, indem sie sie davon überzeugten, dass Peter fast gottgleich war, um die vollständige Unterordnung der russischen Bevölkerung unter die Krone zu gewährleisten.
Auch das Bildungswesen musste modernisiert werden, wenn Russland als Macht in Europa überleben wollte. Peter wollte eine moderne Armee und Marine, die in ganz Europa gefürchtet sein würde. Die Offiziere des Militärs mussten ausgebildet werden, sonst würde das Ziel nicht erreicht werden. Auf seinen Reisen als Jugendlicher hatte Peter gesehen, wie wichtig die Kenntnis von Wissenschaft und Mathematik für den militärischen Erfolg war. Der richtige Einsatz der Artillerie erforderte die Kenntnis von Winkeln, der Bau von Festungsanlagen erforderte Ingenieurwissen. Marineoffiziere mussten wissen, wie man navigiert.
Im Jahr 1701 wurde in Moskau die Schule für Navigation und Mathematik gegründet. Sie wurde von britischen Lehrern geleitet. Im selben Jahr wurden ähnliche Schulen für Artillerie und Sprachen gegründet. Im Jahr 1707 wurde eine Schule für Medizin und 1712 eine Schule für Ingenieurwesen gegründet. In den Provinzen wurden dreißig Mathematikschulen gegründet, und 1724, ein Jahr vor Peters Tod, wurde eine Schule für Naturwissenschaften eingerichtet, die allerdings wegen des Mangels an Wissenschaftlern in Russland zunächst mit Ausländern besetzt werden musste.
Für die gebildete Öffentlichkeit wurde 1703 eine Zeitung namens „Wedomosti“ gegründet. Sie wurde vom Staat herausgegeben. Peter war der Meinung, dass die militärischen Führer gebildet sein mussten, dass aber auch eine loyale Öffentlichkeit gebildet sein sollte, wenn Russland seinen Ruf als mittelalterlich geprägtes Land loswerden wollte.
Viele junge Adlige wurden ermutigt, es Peter gleichzutun und nach Westeuropa zu reisen, um dort Erfahrungen zu sammeln und zu lernen. Junge russische Adlige wurden ermutigt, sich über die neuesten Technologien, Wirtschaftstheorien und politischen Wissenschaften zu informieren. Eine Erweiterung des Wissens wurde von Peter nicht als Bedrohung angesehen; im Gegenteil, er glaubte, dass diese jungen, gebildeten Adligen von großem Nutzen für die Entwicklung Russlands waren.
Peter erwartete von den jungen und gebildeten Menschen auch, dass sie russische Traditionen ablegen und das annehmen, was er als westliche Werte betrachtete. Bärte wurden abrasiert, westliche Kleidung wurde gefördert, und vom Adel wurde erwartet, dass er Teepartys und gesellschaftliche Zusammenkünfte im westlichen Stil abhielt.
Peter war sich auch bewusst, dass die Binnenwirtschaft Russlands reformiert werden musste. Seine Reisen ins Ausland hatten Peter davon überzeugt, dass Russland zu rückständig war. Als Zar wollte er den westlichen Merkantilismus anwenden, um Landwirtschaft, Industrie und Handel anzukurbeln. Ein reicheres Russland konnte für die Position des Zaren nur von Vorteil sein, da mehr Steuern erhoben und in das Militär investiert werden konnten. Ein weiter gestärktes Militär würde seine Macht weiter ausbauen. Tatsächlich erreichte Peter weniger, als ihm lieb war, aber er gab den Anstoß für das wirtschaftliche Wachstum Russlands, das im achtzehnten Jahrhundert zu beobachten war.
Der Staat dominierte alle Formen der Industrie. Der Staat war die Quelle von Kapital, Rohstoffen und Arbeitskräften. Der Staat war auch der Hauptabnehmer von Fertigwaren. 1718 wurden zwei Kollegien für Handel und Bergbau und Manufaktur geschaffen. Unter staatlicher Leitung wurden Fabriken aller Art aufgebaut. Die Preise wurden vom Staat festgesetzt, und der Staat hatte das Recht, bei den Produzenten als Erstkäufer aufzutreten – allerdings zu einem vom Staat festgelegten Preis. Private Unternehmen konnten nur mit dem Überschuss an Produkten, die der Staat nicht wollte, Gewinn machen, und viele erfolgreiche Unternehmen wurden einfach vom Staat übernommen.
In der Landwirtschaft wurde wenig erreicht, sie blieb einfach mittelalterlich. Die abergläubische und konservative Einstellung der Landwirte und die schiere Größe des Landes führten dazu, dass die Regierungsbeamten große Schwierigkeiten hatten, in die ländlichen Gebiete vorzudringen und den Willen des Zaren gegenüber den dort lebenden Menschen durchzusetzen. Die Vorherrschaft des örtlichen Gutsherrn über sein Volk war tief verwurzelt. Der Staat tat, was er konnte, um die Landwirte zu ermutigen, moderne Geräte wie Eggen und Pflüge zu benutzen, aber mit wenig Erfolg. Die menschliche Arbeitskraft, die den Großteil der Arbeit verrichtete, blieb bis ins neunzehnte Jahrhundert hinein bestehen und war ein Problem, das Stalin in den 1930er Jahren zu lösen versuchte. Für eine erfolgreiche Reform der Landwirtschaft in den 1720er Jahren erwies sich das Problem als zu groß.