Peter den store var fast besluten att reformera Rysslands inre struktur. Han hade en enkel önskan att driva Ryssland – frivilligt eller inte – in i den moderna eran som fanns då. Samtidigt som hans militära reformer pågick, reformerade han kyrkan, utbildningen och områden inom Rysslands ekonomi.
En av de bastioner som skulle förändras ur Peters synvinkel var kyrkan. Under gångna år hade den varit halvautonom. För någon som trodde på kunglig absolutism var detta oacceptabelt. Kyrkans underordning inom Ryssland genomfördes utan problem.
Det fanns andra skäl som förklarar Peters intresse för kyrkan.
Den var en mycket rik institution och Peter ville ha denna rikedom
Den vägrade att moderniseras
Den ägde stora mängder mark och livegna och kunde därför ses som en rival till tsaren.
År 1700 dog kyrkans överhuvud, patriach Adrian. Peter ersatte honom inte. År 1701 överlämnades kontrollen över kyrkans egendom till ett regeringsdepartement som kallades Monastyrskii Prikaz. Denna tog emot klostrets inkomster och betalade ut lön till munkarna. Det enkla faktum att det var ett regeringsdepartement innebar att det var underordnat Petrus’ vilja. År 1721 avskaffades kyrkans hierarki officiellt genom den kyrkliga reservationen och kyrkan ställdes under den heliga synodens kontroll och var helt knuten till staten. I 1721 års förordning angavs specifikt vad prästerskapet fick göra; i huvudsak var den utformad för att kontrollera deras dagliga liv så att de blev en statsapparat. Prästerskapets uppgift sågs som tvåfaldig: att arbeta för staten och att göra sina församlingar helt underdåniga inför staten genom att övertyga dem om att Peter var allt annat än gudabenådad för att säkerställa den ryska befolkningens totala underordning under kronan.
Utbildningen var också tvungen att moderniseras för att Ryssland skulle kunna överleva som en makt i Europa. Peter ville ha en modern armé och flotta som skulle vara fruktad i hela Europa. Officerarna i militären måste utbildas, annars skulle detta aldrig uppnås. Under sina resor som ung hade Peter sett hur viktiga kunskaper i vetenskap och matematik var för militär framgång. För att använda artilleri på rätt sätt krävdes kunskap om vinklar och för att bygga befästningar krävdes kunskap om ingenjörskonst. Marinofficerare behövde veta hur man navigerar.
År 1701 grundades skolan för navigering och matematik i Moskva. Den drevs av brittiska lärare. Samma år skapades liknande skolor för artilleri och språk. År 1707 skapades en skola för medicin och 1712 en skola för ingenjörsvetenskap. Trettio matematikskolor skapades i provinserna och 1724, ett år före Peters död, inrättades en vetenskaplig skola, även om bristen på vetenskapsmän i Ryssland innebar att den till en början måste bemannas av utlänningar.
För den bildade allmänheten inrättades 1703 en tidning kallad ”Vedomosti”. Den gavs ut av staten. Peter ansåg att militära ledare måste vara utbildade men att en lojal allmänhet också borde vara det om Ryssland skulle kunna skaka av sig sitt rykte om att vara genomsyrad av medeltid.
Många unga adelsmän uppmuntrades att göra som Peter hade gjort – åka till Västeuropa för att uppleva hur det var och också lära sig. Unga ryska adelsmän uppmuntrades att lära sig om den senaste tekniken, den ekonomiska teorin och den politiska vetenskapen. En breddning av kunskaperna sågs inte som ett hot av Peter, tvärtom ansåg han att dessa unga utbildade adelsmän var till stor nytta för Rysslands utveckling.
Peter förväntade sig också att de unga och utbildade skulle skippa ryska traditioner och anamma vad han ansåg vara västerländska värderingar. Skägg rakades av, västerländska kläder uppmuntrades och adeln förväntades hålla tepartyn och sociala sammankomster i västerländsk stil.
Peter var också medveten om att Rysslands inre ekonomi behövde reformeras. Hans resor utomlands hade övertygat Peter om att Ryssland var alltför efterblivet. Som tsar ville han tillämpa västerländsk merkantilism för att stimulera jordbruk, industri och handel. Ett rikare Ryssland kunde bara gynna tsarens ställning eftersom mer kunde beskattas och investeras i militären. En ytterligare stärkt militär skulle ytterligare öka hans makt. I själva verket uppnådde Peter mindre än vad han skulle ha velat, men han satte igång den ekonomiska tillväxten i Ryssland som man kunde bevittna under 1700-talet.
Staten dominerade alla former av industri. Staten var källan till kapital, råvaror och arbetskraft. Staten var också den främsta köparen av färdiga varor. År 1718 inrättades två högskolor för handel och gruvor och tillverkning. Under statlig ledning utvecklades fabriker av alla slag. Priserna fastställdes av staten och staten hade rätt att vara den första köparen från producenterna – men till ett pris som fastställts av staten. Privata företag kunde endast göra vinst på det överskott av produkter som staten inte ville ha och många framgångsrika företag togs helt enkelt över av staten.
Varje uppnåddes inom jordbruket som helt enkelt förblev medeltida. Den vidskepliga och konservativa attityden hos dem som arbetade inom jordbruket och landets blotta storlek innebar att regeringstjänstemännen hade stora svårigheter att ta sig ut på landsbygden och påtvinga tsarens vilja på dem som bodde där. Den lokala herremannens överhöghet över sitt folk var djupt förankrad. Staten gjorde vad den kunde för att uppmuntra jordbrukare att använda modern utrustning som harvar och plogar, men utan större framgång. Den mänskliga arbetskraften som utförde huvuddelen av arbetet fortsatte ända in på 1800-talet och var en fråga som Stalin försökte ta itu med på 1930-talet. För att någon skulle lyckas reformera jordbruket på 1720-talet visade sig problemet vara för stort.